Počkejte prosím chvíli...
Nepřihlášený uživatel
Nacházíte se: VŠCHT PrahaFPBT  → Studium → Doktorské studium → Témata disertačních prací na FPBT → Detail programu
iduzel: 63388
idvazba: 75565
šablona: stranka
čas: 25.6.2022 21:58:49
verze: 5054
uzivatel:
remoteAPIs: https://studuj-api.cis.vscht.cz/cms/program?weburl=/studium/doktorske-studium/temata-disertacnich-praci
branch: trunk
Obnovit | RAW

Mikrobiologie

Mikrobiologie

Cílem studijního programu je vychovat odborníky s komplexním pohledem na mikrobiální populace, jejich aktivitu, fylogenetickou a metabolickou diverzitu, mechanismy řídící cílené změny jejich genetické informace či chemické principy ovlivňující vzájemné vztahy mikroorganizmů. Studijní program je založen na propojení různých forem výuky s intenzivním výzkumem, kdy je důraz kladen především na samostatnost, iniciativnost a kritický přístup studentů k řešené problematice. Ve výsledku budou absolventi studijního programu všestranní odborníci schopni získané poznatky, dovednosti i kompetence použít pro průmyslové či jiné aplikace.

Uplatnění

Cílené spojení mikrobiologického, biochemického a inženýrského přístupu v rámci studijního programu profiluje absolventy s komplexním pohledem na mikrobiální svět. Absolventi budou disponovat hlubokými teoretickými znalostmi i praktickými dovednostmi ve všech klíčových oblastech mikrobiologie, včetně biochemie mikroorganismů, molekulární biologie, genového inženýrství i dalších blízce příbuzných oborů. Absolventi studijního programu tak naleznou uplatnění ve všech oblastech biotechnologií, potravinářského, farmaceutického či chemického průmyslu, v klinických laboratořích, v oblasti životního prostředí a zemědělství. V neposlední řadě je základem profilu absolventů studijního programu i kompetence pro práci ve výzkumu v akademické sféře.

Detaily programu

Jazyk výuky český
Standardní doba studia 4 roky
Forma studia kombinovaná , prezenční
Garant studia prof. Ing. Bc. Ondřej Uhlík, Ph.D.
Místo studia Praha
Kapacita 15 studentů
Kód akreditace (MŠMT kód) P0511D130021
VŠCHT kód D301
Počet vypsaných témat 14

Vypsané disertační práce pro rok 2022/23

Adaptace a virulence <i>Campylobacter jejuni</i>

Garantující pracoviště: Ústav biochemie a mikrobiologie
Školitel: prof. Ing. Kateřina Demnerová, CSc.

Anotace


Navzdory své křehké povaze je Campylobacter jejuni dlouhodobě označován jako nejčastější původce gastroenteritid přenášených potravinami. Krátký genom a zároveň vysoká přizpůsobivost C. jejuni naznačují, že je tento patogen schopen rychlé změny genové exprese umožňující přeměnu z odolné ale metabolicky utlumené formy v prostředí mimo hostitele, do virulentní rychle se množící formy uvnitř hostitele. Dosud ovšem nebyly identifikovány faktory, které se na přeměně podílejí. Hlavním cílem práce bude identifikace mechanismů a regulačních drah zodpovědných za adaptaci a virulenci C. jejuni. Významná část práce bude také soustředěna na interakci bakterie s hostitelem.
kontaktujte vedoucího práce Místo výkonu práce: Ústav biochemie a mikrobiologie, VŠCHT Praha

Adaptace <i>Acinetobacter</i> spp. na používání antibiotik v chovech skotu

Garantující pracoviště: Ústav biochemie a mikrobiologie
Mikrobiologický ústav AV ČR, v.v.i.
Školitel: prof. Ing. Bc. Ondřej Uhlík, Ph.D.

Anotace


Rod Acinetobacter představuje rozmanitou skupinu bakterií adaptujících se na různorodá prostředí, včetně vody, půdy, těl zvířat a člověka. Některé druhy, jako např. Acinetobacter baumannii jsou lidskými patogeny a vykazují rezistenci na všechna používaná antibiotika. Bakterie rezistentní k antibiotikům se obecně vyskytují v exkrementech a hnoji z hospodářských zvířat léčených antibiotiky a dostávají se do prostředí v průběhu hnojení. Tento projekt se zaměřuje na otázku, zda používání antibiotik v chovech skotu je faktorem zvyšujícím výskyt rezistentních a potenciálně patogenních acinetobakterů v kravských exkrementech a jaké jsou adaptace acinetobakterů na časté používání antibiotik v chovech.
kontaktujte vedoucího práce Místo výkonu práce: Mikrobiologický ústav AV ČR, v.v.i.

Ekologie mikroorganismů asociovaných s roslinami

Garantující pracoviště: Ústav biochemie a mikrobiologie
Ústav biochemie a mikrobiologie
Školitel: prof. Ing. Bc. Ondřej Uhlík, Ph.D.

Anotace


Půdní mikroorganismy a rostliny se z důvodu jejich vazby na prostředí půdy vyvíjely ve vzájemné blízkosti. V důsledku toho se v procesu evoluce mezi těmito skupinami organismů vyvinuly vysoce komplexní vztahy, které jsou v současnosti klíčové pro fungování celých ekosystémů. Cílem práce je hlouběji porozumět těmto komplexním interakcím a objasnit některé mechanismy, které je zprostředkovávají. Konkrétně je práce zaměřena na: zkoumání vlivu složek rhizodepozitů na složení půdních mikrobiálních komunit, mikrobiálně-ekologický popis rhizosféry dosud chápané pouze definitoricky či pochopení role rhizodepozitů při výběru půdních bakterií podporujících růst rostlin pro endofytní mutualismus.
kontaktujte vedoucího práce Místo výkonu práce: Ústav biochemie a mikrobiologie

Epidemiologie odpadních vod: detekce a kvantifikace významných RNA virů

Garantující pracoviště: Ústav biochemie a mikrobiologie
Ústav biochemie a mikrobiologie
Školitel: prof. Ing. Kateřina Demnerová, CSc.

Anotace


Řada RNA virů patří mezi původce různých závažných onemocnění lidské populace, např. virus chřipky, noroviry, hepatitida A a C (HAV a HCV), Ebola, SARS, HIV. Tato biologická agens se mohou dostat z nakažených jedinců do odpadních vod. Z epidemiologických dat naměřených v průběhu pandemie SARS-CoV-2 je zřejmé, že minimálně 45 % pacientů pozitivních na COVID-19 vylučuje tento virus ve stolici a to i v případě, že nevykazují běžné symptomy onemocnění COVID-19, RNA hepatitidy se může do odpadních vod dostat z krve nakažených jedinců. V rámci disertační práce bude vyvíjena, optimalizována a experimentálně ověřena metodika identifikace a kvantifikace vybraných patogenních RNA virů s využitím molekulárně biologických metod zahrnujících izolaci RNA, reverzní transkripci (RT), kvantitativní qPCR či digitální dPCR a sekvenaci. . Při studiu budou využívány moderní mikrobiologické, mikroskopické a molekulárně-biologické metody (spektrofotometrické techniky, elektroforetické techniky, mikroskopické techniky, různé varianty metody PCR aj.).
kontaktujte vedoucího práce Místo výkonu práce: Ústav biochemie a mikrobiologie

Identifikace bakteriálních populací zodpovědných za transformaci organochlorových sloučenin v životním prostředí

Garantující pracoviště: Ústav biochemie a mikrobiologie
Ústav biochemie a mikrobiologie
Školitel: prof. Ing. Bc. Ondřej Uhlík, Ph.D.

Anotace


Organochlorové sloučeniny, například chloretheny a polychlorované bifenyly, stále představují závažný environmentální problém díky stávající nebo potenciální kontaminaci půdy a zdrojů pitné vody. V minulosti byla mikrobiální degradace organochlorových sloučenin důkladně studována, avšak stále máme velké mezery ve znalostech o distribuci biodegradačních genů organochlorových sloučenin na kontaminovaných lokalitách a jejich propojení s fylogenetickou informací konkrétních bakteriálních taxonů. Cílem tohoto projektu je proto popsat distribuci biodegradačních funkcí a fylogenetický původ bakterií, které tyto funkce nesou. Konkrétně se práce bude zaměřovat na vzorce distribuce vybraných biodegradačních genů (bphA a rdhA) v mikrobiálních společenstvech na kontaminovaných lokalitách a jejich propojení s fylogenetikou.
kontaktujte vedoucího práce Místo výkonu práce: Ústav biochemie a mikrobiologie

Interakce nanovlákenných materiálů s vybranými mikroorganismy

Garantující pracoviště: Ústav biochemie a mikrobiologie
Ústav biochemie a mikrobiologie
Školitel: prof. Ing. Kateřina Demnerová, CSc.

Anotace


V současném výzkumu je věnována velká pozornost vývoji podkladů (scafoldů) pro tkáňové inženýrství, které mohou být používány v potravinářství jako funkční obaly nebo pro medicínské aplikace jako například podklady umožňující obnovu nebo zlepšení fyzikálně chemických vlastností živé tkáně. Předmětem této disertační práce bude studium interakcí mezi vybranými mikroorganismy a nanovlákennými textiliemi (funkcionalizovanými i nefuncionalizovanými). Nanovlákenné materiály budou připravovány a charakterizovány spolupracovníky z Technické univerzity v Liberci. Interakce s vlákny budou sledovány u mikroorganismů, takových jako jsou grampozitivní bakterie rodu Staphylococcus a Cutibacterium acnes, gramnegativní bakterie z čeledí Enterobacteriaceae a Pseudomonadaceae, eukaryotní mikroorganismy z rodu Candida a mikroskopické vláknité dermatofyty jako např. Arthroderma či Microsporum. Při studiu budou využívány kultivační i moderní mikrobiologické, mikroskopické a molekulárně-biologické metody (kultivační stanovení, spektrofotometrické techniky, elektroforetické techniky, mikroskopické techniky, různé varianty metody PCR aj.).
kontaktujte vedoucího práce Místo výkonu práce: Ústav biochemie a mikrobiologie

Metabolický a oxidační stres v mikrobiálních společenstvech

Garantující pracoviště: Ústav biochemie a mikrobiologie
Školitel: doc. Ing. Jaroslav Zelenka, Ph.D.

Anotace


V životním prostředí najdeme mikroorganismy jen výjimečně ve formě čistých planktonických kultur, jak je známe z laboratoře. Přirozená forma jejich existence je totiž směsný biofilm či jiný agregát umožňující intenzivní mezidruhovou interakci ve formě sdílení metabolitů, signálních molekul či dokonce DNA. V konsorciích tohoto typu vzniká specifické mikroprostředí a celkový fyziologický stav takové kultury je dramaticky ovlivněn metabolickou symbiózou mezi jednotlivými organismy. V rámci tohoto tématu bude u takových konsorcií zkoumán vliv metabolického stresu ve formě nedostatku živin či nadbytku metabolických odpadů na jejich složení, integritu a odolnost k oxidačnímu stresu. Jako dva hlavní modely budou použity biofilmy patogenních bakterií a intestinální mikrobiom SPF myší. Cílem studia bude prozkoumat možnosti ovlivnění fyziologie těchto konzorcií, které by mohly být aplikovatelné v péči o lidské zdraví.
kontaktujte vedoucího práce Místo výkonu práce: Ústav biochemie a mikrobiologie, VŠCHT Praha

Meta-omické analýzy mikrobiálních komunit v zemině a extrémních habitatech

Garantující pracoviště: Ústav biochemie a mikrobiologie
Školitel: prof. Ing. Bc. Ondřej Uhlík, Ph.D.

Anotace


Aplikací molekulárně mikrobiologických technik mohou nyní mikrobiální ekologové podrobně analyzovat složení a funkci mikrobiálních společenstev bez nutnosti izolovat jednotlivé druhy. Metagenomika nejen významně přispěla k pochopení faktorů, které ovlivňují mikrobiální diverzitu, ale také vedla k objevu fylogeneticky nových taxonů a/nebo nových metabolických drah. Úkolem studenta bude bioinformatické zpracování genomických, metagenomických, metataxonomických a případně dalších meta-omických dat pro pochopení: (i) mikrobiální ekologie vybraných extrémních biotopů, včetně termálních nebo radonových pramenů nebo mofet; ii) specifické vazby mezi sekundárními rostlinnými metabolity, včetně ligninu a jeho degradačních meziproduktů, a schopností půdních mikrobiálních populací degradovat organickou hmotu či podporovat růst rostlin.
kontaktujte vedoucího práce Místo výkonu práce: Ústav biochemie a mikrobiologie, VŠCHT Praha

Mikroorganismy jako účinný nástroj při recyklaci odpadů

Garantující pracoviště: Ústav biochemie a mikrobiologie
Ústav biochemie a mikrobiologie
Školitel: Ing. Hana Stiborová, Ph.D.

Anotace


Minimalizace a recyklace odpadů a snižování uhlíkové stopy patří v současné době mezi prioritní cíle přijaté strategie Zelené dohody pro Evropu. Jednou z možností, jak snížit ekologickou zátěž a emise CO2 ve stavebním průmyslu je využívání tzv. biocementu, který je možné získat pomocí mikrobiologicky indukovatelného srážení vápníku (MICP) z recyklovaného betonu. V rámci řešení této práce budou izolovány a charakterizovány vhodné mikroorganismy a optimalizovány podmínky MICP s ohledem na výtěžnost a strukturní a mechanické vlastnosti biocementu.
kontaktujte vedoucího práce Místo výkonu práce: Ústav biochemie a mikrobiologie

Modulace stability retrovirové kapsidy: slibný cíl pro inhibici HIV-1

Garantující pracoviště: Ústav biochemie a mikrobiologie
Školitel: prof. Dr. Ing. Michaela Rumlová

Anotace


Struktury nezralých a zralých HIV-1 částic jsou tvořeny hexamerní sítí stejného kapsidového proteinu (CA), avšak vzájemné intra- a inter-hexamerní kontakty jsou pro oba typy částic odlišné. Jakákoliv změna ve stabilitě obou typů těchto proteinových sítí, potlačuje replikační schopnost viru a tím i infektivitu viru. Kritická role CA v těchto krocích replikačního cyklu HIV-1 ho činí vysoce atraktivním farmakologickým cílem. V rámci této práce budeme studovat vliv řady různých malých molekul, které svou vazbou k CA zásadně modulují stabilitu obou typů CA hexamerních sítí a tím narušují replikaci HIV-1. Kromě specifických syntetických molekul nedávno identifikovaných buď v naší laboratoři, nebo popsaných v literatuře, budeme také studovat roli malých buněčných kofaktorů, jejichž mechanismus modulace stability CA hexamerní sítě u různých retrovirových druhů není znám. Pochopení principu pozitivní i negativní modulace CA stability hexamerních sítí HIV-1 zralých či nezralých částic může otevřít nový terapeutický cíl pro inhibici HIV-1.
kontaktujte vedoucího práce Místo výkonu práce: Ústav biochemie a mikrobiologie, VŠCHT Praha

Molekulární mechanismy podmiňující akumulaci těžkých kovů a polokovů v makromycetách

Garantující pracoviště: Ústav biochemie a mikrobiologie
Ústav biochemie a mikrobiologie
Školitel: prof. Ing. Pavel Kotrba, Ph.D.

Anotace


Říše Fungi hraje velmi významnou roli v environmentálních cyklech prvků a schopnost hub akumulovat těžké kovy a metaloidy je popisována od 60. let 20. století. Studium mechanismů, které některým houbám umožňují kovy a polokovy (zde zejména As) akumulovat ve vysokých množstvích je v posledních letech věnována rostoucí pozornost. Náplní doktorské práce je studium „metalo(ido)mu“ vybraných hub a zároveň mykosféry ve smyslu bakteriálních (endo)symbiontů. S využitím moderních přístupů molekulární biologie, pokroků v genomice cílené na makromycety a bioinformatice by měly být charakterizovány související genetické determinanty relevantních makromycet a vlastnosti asociovaných bakteriálních konsorcií. V kontaminovaných a nekontaminovaných lokalitách nás bude in situ zajímat taxonomické pokrytí, distribuce mycelií v půdním profilu a po přenosu do laboratorních podmínek jejich detailní molekulární a biochemická charakterizace ve vztahu k detoxikaci či biotransformaci vybraných metal(loid)ů, zejména Zn, Cu, Cd, As. Mezinárodní tým s bohatými zkušenostmi předpokládá, že řešení úkolů disertační práce výrazně přispěje k prohloubení poznatků o biologii kovů a polokovů v makromycetách a mykosféře. Principiálním cílem disertační práce je příspěvek k pochopení metalomu (zejména Zn, Cu, Cd) a arsenomu taxonů, jejichž identita v tuto chvíli s ohledem na kompetitivní prostředí v tomto výzkumu zůstává nevyřčena.
kontaktujte vedoucího práce Místo výkonu práce: Ústav biochemie a mikrobiologie

Prevence růstu mikromycet na površích technicky zajímavých materiálů

Garantující pracoviště: Ústav biochemie a mikrobiologie
Školitel: prof. Ing. Kateřina Demnerová, CSc.

Anotace


Mikromycety (plísně) patří do velké a různorodé skupiny mikroskopických, vláknitých a mnohobuněčných hub. K reprodukci využívají spory, které jsou schopné přežívat v prostředí po dlouhou dobu. Při svém růstu mohou způsobovat kažení potravin či ničit průmyslové povrchy, na kterých se jim podaří růst. Mimoto mohou produkovat sekundární metabolity mykotoxiny, např. aflatoxin je nejjedovatější mykotoxin způsobující rakovinu jater, ochratoxin A oslabující imunologický systém aj., které jsou relativně stabilní, tepelně odolné a jejich eradikace je velmi obtížná. V této práci budu zkoumán vliv fyzikálních i chemických způsobů inaktivace plísní na površích stavebních materiálů, konkrétně bude pracováno s rody Aspergillus, Penicillium, Cladosporium, Alternaria, Fusarium, Byssochlamys atd. Při studiu budou využívány kultivační i moderní mikrobiologické, mikroskopické a molekulárně-biologické metody (kultivační stanovení, spektrofotometrické techniky, elektroforetické techniky, mikroskopické techniky, různé varianty metody PCR aj.).
kontaktujte vedoucího práce Místo výkonu práce: Ústav biochemie a mikrobiologie, VŠCHT Praha

Role malých regulačních RNA ve virulenci lidského patogenu Bordetella pertussis

Garantující pracoviště: Ústav biochemie a mikrobiologie
Mikrobiologický ústav AV ČR, v.v.i.
Školitel: RNDr. Bronislav Večerek, CSc.

Anotace


Malé regulační RNA (sRNA) představují velmi významný typ regulátorů genové exprese. Tyto regulační RNA se zpravidla díky částečné či úplné komplementaritě váží k cílové mRNA a ovlivňují účinnost její translace. Hfq, bakteriální RNA chaperon, je díky svým RNA-vazebným vlastnostem důležitým prostředníkem těchto RNA-RNA interakcí a hraje také důležitou úlohu ve virulenci patogenních bakterií a adaptaci na hostitele.
kontaktujte vedoucího práce Místo výkonu práce: Mikrobiologický ústav AV ČR, v.v.i.

Studium biologických aktivit extraktů z rostlinných materiálů

Garantující pracoviště: Ústav biochemie a mikrobiologie
Školitel: doc. Ing. Petra Lovecká, Ph.D.

Anotace


Rostliny jsou významným zdrojem nových biologicky aktivních látek, které mohou v budoucnosti nahradit syntetické preparáty hojně využívané nejen v humánní medicíně, ale i v zemědělství a dalších oblastech potravinářského průmyslu. Práce bude zaměřena na výběr vhodného rostlinného druhu, izolaci a identifikaci účinných složek rostlinného materiálu. Charakterizace biologických aktivit bude provedena rozsáhlou baterii testů na prokaryotních a eukaryotních buňkách.
kontaktujte vedoucího práce Místo výkonu práce: Ústav biochemie a mikrobiologie, VŠCHT Praha
Aktualizováno: 15.2.2022 15:51, Autor: Jan Kříž

VŠCHT Praha
Technická 5
166 28 Praha 6 – Dejvice
IČO: 60461373
DIČ: CZ60461373

Datová schránka: sp4j9ch

Copyright VŠCHT Praha 2014
Za informace odpovídá Oddělení komunikace, technický správce Výpočetní centrum

zobrazit plnou verzi