Fakulta potravinářské a biochemické technologie je nejen pedagogickým, ale i významně výzkumně orientovaným pracovištěm Vysoké školy chemicko-technologické v Praze, na kterém je pedagogická činnost silně provázána s oblastí vědecko-výzkumnou. O tom svědčí nejen zaměření kvalifikačních prací studentů všech stupňů studia, ale i další podpora vědecké práce posluchačů. Výzkumná práce je zaměřena nejen na základní a orientovaný výzkum, ale i na aplikovaný výzkum, zejména v biotechnologických, mikrobiologických a potravinářských oblastech.
Hlavní oblasti vědy a výzkumu na FPBT reflektují zaměření jejích sedmi ústavů a jsou následující:
- Biotechnologie a bioinženýrství
- Biochemie a mikrobiologie
- Chemie a analýza potravin a přírodních látek
- Technologie potravin a jejich uchovávání
- Organická chemie přírodních látek