Mikrobiologický ústav AV ČR, v. v. i.

Garantující pracoviště:	Ústav chemie přírodních látek Mikrobiologický ústav AV ČR, v. v. i.
Studijní program/specializace:	Biochemie a bioorganická chemie ( výuka v českém jazyce )
Školitel:	doc. Ing. Kateřina Valentová, Ph.D.

Anotace

Flavonoidy jsou složky rostlinné potravy, o kterých je známo, že jsou intenzivně metabolizovány ve střevech a interagují s a ovlivňují složení střevního mikrobiomu. Flavonoidy také podléhají rychlé biotransformaci ve fázi II, přičemž se tvoří především odpovídající sulfáty a glukuronidy. Biotransformace polyfenolů střevní mikrobiotou vede také ke štěpení C-kruhu a tvorbě jednoduchých fenolových látek. Cílem tohoto doktorského projektu je optimalizace chemoenzymatických metod pro syntézu knihovny přírodních flavonoidů (myricetin, luteolin, kempferol, naringenin, kyselina hydroxyfenyloctová a kyselina hydroxyfenylpropionová) a jejich metabolitů (sulfáty, glukuronidy a depsidy). K tomuto účelu se používají přirozené a mutantní enzymy z bakteriálních a plísňových zdrojů (arylsulfotransferasy, glukosidasy, glukuronidasy, kvercetinasy). Tyto enzymy budou exprimovány v mikrobiálních expresních systémech (E. coli, P. pastoris), charakterizovány a optimalizovány pro syntézu požadovaných metabolitů. Sloučeniny se pak využijí jako standardy pro metabolické studie prováděné ve spolupráci s našimi partnerskými laboratořemi.

Ústav chemie přírodních látek

Garantující pracoviště:	Ústav chemie přírodních látek
Studijní program/specializace:	Biochemie a bioorganická chemie ( výuka v českém jazyce )
Školitel:	doc. Ing. Kamil Parkan, Ph.D.

Anotace

Sacharidy jsou klíčové biomolekuly, které hrají zásadní roli v různých biologických procesech, jako je buněčná signalizace, adheze, rozpoznávání a mezibuněčná komunikace. V kontextu biomedicíny představují sacharidy a jejich deriváty důležité cíle pro vývoj nových terapeutických látek. Glykomimetika jsou syntetická analoga sacharidů, která napodobují jejich biologické funkce, avšak na rozdíl od přírodních sacharidů jsou stabilní vůči chemické a enzymatické hydrolýze, což zvyšuje jejich terapeutický potenciál a použitelnost. Cílem tohoto doktorského projektu je navrhnout, syntetizovat a charakterizovat nové struktury glykomimetik s potenciálním využitím v cílené terapii a diagnostice. Důraz bude kladen na vývoj sloučenin s vysokou specifitou a afinitou k receptorům zapojeným do patologických procesů, jako jsou záněty, infekce a nádorové bujení. Finální glykomimetika budou podrobena biologickému testování za účelem stanovení jejich terapeutického a diagnostického potenciálu. Téma je určeno primárně pro absolventy chemických a farmaceutických oborů. Student během projektu získá hluboké znalosti v oblasti organické syntézy, technik separace a purifikace a osvojí si moderní metody strukturní analýzy (NMR, MS, HPLC). Součástí práce bude i základní biologické hodnocení syntetizovaných látek.

Garantující pracoviště:	Ústav chemie přírodních látek
Studijní program/specializace:	Biochemie a bioorganická chemie ( výuka v českém jazyce )
Školitel:	doc. Ing. Martin Kuchař, Ph.D.

Anotace

Záměrem tohoto výzkumného projektu je syntetizovat látky s potenciálními psychoplastogenními vlastnostmi a využít je jako nástroj pro neuroimaging pro objasnění jejich základních neurobiologických mechanismů. Cílem projektu je pomocí zkoumání vztahů mezi strukturou a aktivitou již známých a popsaných psychoaktivních látek ze skupiny tryptaminů, fenethylaminů a dalších přírodních alkaloidů navrhnout syntetické cesty pro jejich nová analoga a identifikovat vhodné látky pro farmakologická a neurobiologická zkoumání. V rámci mezinárodní spolupráce bude jejich biologická aktivita testována na ovlivnění monoaminových receptorů a transportérů, na cytotoxicitu a na růst neuronálních buněk (prostřednictvím sledování faktoru BDNF). Vybrané látky budou předmětem preklinických studii v animálním modelu, především s využitím behaviorálních testů a zobrazovacích metod jako je EEG, fMRI a v případě izotopicky značených látek také pomocí PET.

Garantující pracoviště:	Ústav chemie přírodních látek
Studijní program/specializace:	Biochemie a bioorganická chemie ( výuka v českém jazyce )
Školitel:	doc. Ing. Martin Kuchař, Ph.D.

Anotace

Nové psychoaktivní látky tvoří strukturně rozmanitou skupinu s širokým spektrem účinku na centrální a vegetativní nervovou soustavu. Řada látek má potenciál při léčbě duševních poruch, neurodegenerativních onemocnění nebo terapii bolesti. Práce bude zaměřena na vypracování metodiky stanovení hladin významných biologicky aktivních látek ve složité biologické matrici. Výsledky budou důležitou součástí probíhajícího neuropsychofarmakologického výzkumu psychoaktivních látek a preklinických studií na pracovišti BAFA. Důraz bude kladen především na optimalizaci zpracování biologických vzorků a vývoj vhodné LC metody ve spojení s hmotnostní spektrometrií.

Ústav organické chemie a biochemie AV ČR, v. v. i.

Garantující pracoviště:	Ústav chemie přírodních látek Ústav organické chemie a biochemie AV ČR, v. v. i.
Studijní program/specializace:	Biochemie a bioorganická chemie ( výuka v českém jazyce )
Školitel:	Dr. habil. Ullrich Jahn

Anotace

Axinellaminy patří k nejsložitějším alkaloidům se zajímavými biologickými vlastnostmi. V rámci tohoto projektu budou zkoumány biomimetické přístupy, které umožní krátké totální syntézy přírodních produktů a jejich analogů. Ve spolupráci bude zkoumán jejich biologický profil.

Garantující pracoviště:	Ústav chemie přírodních látek Ústav organické chemie a biochemie AV ČR, v. v. i.
Studijní program/specializace:	Biochemie a bioorganická chemie ( výuka v českém jazyce )
Školitel:	Mgr. Radim Nencka, Ph.D.

Anotace

Doktorand(ka) se bude zabývat návrhem a syntézou nových inhibtorů methyltransferáz – virových, fungálních nebo lidských. Student(ka) bude ve své práci využívat in silico přístup molekulárního modelování, které by mělo zefektivnit vývoj aktivních látek. Hlavní část pracovní náplně bude ovšem organická syntéza. Příprava analogů vhodných ligandů s fluorescentní značkou umožní efektivní vývoj screeningové metody.

Garantující pracoviště:	Ústav chemie přírodních látek Ústav organické chemie a biochemie AV ČR, v. v. i.
Studijní program/specializace:	Biochemie a bioorganická chemie ( výuka v českém jazyce )
Školitel:	Dr. habil. Ullrich Jahn

Anotace

Právě jsme dokončili přístupy ke glycinovým alkoxyaminům, které jsou velkým příslibem v biokonjugaci. V rámci tohoto projektu bude prozkoumán potenciál těchto nepřírodních derivátů aminokyselin pro přístup k novým peptidovým strukturám.

Garantující pracoviště:	Ústav chemie přírodních látek Ústav organické chemie a biochemie AV ČR, v. v. i.
Studijní program/specializace:	Biochemie a bioorganická chemie ( výuka v českém jazyce )
Školitel:	Mgr. Radim Nencka, Ph.D.

Anotace

Doktorand(ka) se zaměří na návrh a organickou syntézu nových inhibitorů methyltransferáz, a to virových, fungálních nebo lidských. Při vývoji těchto sloučenin bude student(ka) využívat in silico molekulární modelování, jehož cílem je zefektivnit a zrychlit hledání a optimalizaci inhibitorů. Hlavním těžištěm práce však zůstane organická syntéza potenciálních léčivých látek. Součástí projektu bude příprava analogů ligandů opatřených vhodnou značkou, ať už fluorescentní nebo funkční (biotin pro pulldown, talidomid pro PROTAC technologii).

Garantující pracoviště:	Ústav chemie přírodních látek Ústav organické chemie a biochemie AV ČR, v. v. i.
Studijní program/specializace:	Biochemie a bioorganická chemie ( výuka v českém jazyce )
Školitel:	Mgr. Tomáš Pluskal, Ph.D.

Anotace

Naše laboratoř kombinuje nejnovější experimentální (např. hmotnostní spektrometrie, metabolomika, RNA-seq) a výpočetní (např. bioinformatika, molekulární sítě, strojové učení) přístupy a vyvíjí nové postupy pro objevování a využití bioaktivních molekul odvozených z rostlin. Cílem tohoto projektu bude inženýring nových mikrobiálních platforem pro bioprodukci terpenoidních prekurzorů a terpenoidů z nich odvozených.

Garantující pracoviště:	Ústav chemie přírodních látek Ústav organické chemie a biochemie AV ČR, v. v. i.
Studijní program/specializace:	Biochemie a bioorganická chemie ( výuka v českém jazyce )
Školitel:	Mgr. Tomáš Pluskal, Ph.D.

Anotace

Naše laboratoř kombinuje nejnovější experimentální (např. hmotnostní spektrometrie, metabolomika, RNA-seq) a výpočetní (např. bioinformatika, molekulární sítě, strojové učení) přístupy a vyvíjí nové postupy pro objevování a využití bioaktivních molekul odvozených z rostlin. Cílem tohoto projektu bude screening velkého množství rostlinných druhů pomocí kapalinové chromatografie a hmotnostní spektrometrie, a objevování a izolace nových unikátních chemických látek, včetně základní charakterizace jejich bioactivit.

Garantující pracoviště:	Ústav chemie přírodních látek Ústav organické chemie a biochemie AV ČR, v. v. i.
Studijní program/specializace:	Biochemie a bioorganická chemie ( výuka v českém jazyce )
Školitel:	Dr. habil. Ullrich Jahn

Anotace

V rámci projektu budou vyvinuty syntézy komplexních indoloterpenových akaloidů a jejich analogů, vykazující různorodé biologické aktivity.