Počkejte prosím chvíli...
Nepřihlášený uživatel
Nacházíte se: VŠCHT PrahaFPBT  → Studium → Doktorské studium → Témata disertačních prací na FPBT → Výpis vypsaných témat disertačních prací
iduzel: 63998
idvazba: 76342
šablona: stranka
čas: 24.5.2024 03:42:29
verze: 5420
uzivatel:
remoteAPIs: https://studuj-api.cis.vscht.cz/cms/prace?weburl=/studium/doktorske-studium
branch: trunk
Server: 147.33.89.153
Obnovit | RAW
iduzel: 63998
idvazba: 76342
---Nová url--- (newurl_...)
domena: 'fpbt.vscht.cz'
jazyk: 'cs'
url: '/studium/doktorske-studium/temata-disertacnich-praci/prace/druh/I/jazyk/cs/fakulta/22330/ustav/320'
iduzel: 63998
path: 8547/4160/1399/1900/7379/7426/63386/63998
CMS: Odkaz na newurlCMS
branch: trunk
Obnovit | RAW

Fyziologický ústav AV ČR, v.v.i.

Světlo konvertující paramagnetické nanočástice pro detekci beta buněk pankreatu a magnetickou rezonancí in vivo

Garantující pracoviště: Ústav biochemie a mikrobiologie
Fyziologický ústav AV ČR, v.v.i.
Studijní program/specializace: ( výuka v českém jazyce )
Školitel: RNDr. Petr Ježek, CSc.

Anotace


Přesné metody měření hmotnosti a funkce beta-buněk pankreatu in vivo jsou nezbytné pro lepší pochopení patogeneze diabetu, jenž je podmíněn nedostatkem pankreatických beta-buněk, a pro vývoj nových možností léčby. Proto vyvineme paramagnetické světlo-konvertující nanočástice (UCNPs) povlečené polymery a konjugované s GLP-1 ligandy (GLP-1 peptidy, liraglutid či agonist 3), abychom zacílili a monitorovali hmotu beta-buněk magnetickým rezonančním zobrazováním (MRI) a luminiscencí. Nově vyvinuté UCNPs budou optimalizovány co do velikosti tak, aby pronikaly do krevních kapilár nativních a transplantovaných pankreatických ostrůvků a umožnily jejich dlouhodobé sledování. Ultramalé UCNPs (5 nm) budou sloužit jako kontrastní látka pro elektronovou mikroskopii k vizualizaci a počítání mtDNA nukleoidů v beta-buňkách, jejichž počet bývá u diabetu snížen. Specifičnost, bezpečnost a účinnost všech vyvinutých UCNPs bude ověřena na modelech in vitro a in vivo pomocí multimodálního zobrazování zahrnujícího luminiscenci, MRI a elektronovou mikroskopii. Viz reference doi: 10.1021/acsami.2c04274.
kontaktujte vedoucího práce Místo výkonu práce: Fyziologický ústav AV ČR, v.v.i.

3D superrezoluční mikroskopie ultramorfologie mitochondrií

Garantující pracoviště: Ústav biochemie a mikrobiologie
Fyziologický ústav AV ČR, v.v.i.
Studijní program/specializace: ( výuka v českém jazyce )
Školitel: RNDr. Petr Ježek, CSc.

Anotace


3D nanoskopie dosud nebyla s to postihnout morfologii mitochondriálních krist a nukleoidů (proteinových komplexů s mtDNA). Vyvineme nové metodiky 3D superrezoluční mikroskopie na prototypu 3D mikroskopu firmy Vutara (dnes součást firmy Bruker) pro stochastickou mikroskopii PALM a dSTORM s rozlišením xy 25 nm a z 50 nm. Zavedeme nové typy analýz 3D obrazu reflektující nm změny v morfologii krist a 3D-redistribuci proteinů ovlivňujících mitochondriální kristy za normálních či patologických stavů (diabetes). Pro analýzu 3D obrazů vyvineme nové postupy založené na využití Ripleyho K-funkce a Delaunay algoritmu. Rozvineme také 3D imunocytochemii typu dSTORM s tzv. nanobodies a FRETem excitovaný PALM/dSTORM. Zahájíme novou generaci superrezoluční 3D mikroskopie. Analogicky prostudujeme nukleoidy mitochondriální DNA při zvýšené či snížené biogenezi (fyziologické, patologické), při jejich dělení zejména vlastní metodou mitoFISH nanoskopie pro počítání tzv. D-loops (počátků replikace mtDNA). Uměle nastavíme velikost nukleoidů či jejich obsah mtDNA. Využijeme též STED mikroskopie. Získáme tak nové protokoly pro 3D nanoskopii a zkombinujeme molekulární biologii a fyziologii buňky s nejmodernější 3D superrezoluční mikroskopií. Molekulární biologii zajistí pracovníci odd. 75 FgÚ AV ČR, v.v.i. Viz. Ref. doi: 10.1089/ars.2022.0173.
kontaktujte vedoucího práce Místo výkonu práce: Fyziologický ústav AV ČR, v.v.i.

Mikrobiologický ústav AV ČR, v.v.i.

Interakce bakterií rodu Bordetella s respiračním epitelem

Garantující pracoviště: Ústav biochemie a mikrobiologie
Mikrobiologický ústav AV ČR, v.v.i.
Studijní program/specializace: ( výuka v českém jazyce )
Školitel: RNDr. Jana Kamanová, Ph.D.

Anotace


Klasické bordetely infikují dýchací trakt savců. B. bronchiseptica je původcem chronických respiračních infekcí u řady savců, zatímco B. pertussis a B. parapertussis HU způsobují akutní respirační onemocnění známé jako černý kašel nebo pertuse. Tyto bakterie vytvářejí biofilmy jak na abiotických površích, tak i v dýchacím traktu, což slouží jako mechanismus úniku před imunitním systémem, a představuje cíl nových antimikrobiálních látek. Cílem dizertační práce je odhalit signální dráhy, které stojí za kolonizací respiračního epitelu, bakteriemi rodu Bordetella a tvorbou biofilmu. Doktorand použije model ALI (air-liquid interface) lidského nosního epitelu a mikroinženýrský biomimetický systém, tzvn. organ-on-a-chip, v kombinaci s metabolomikou, metodou dual RNA-Seq a genovým inženýrstvím.
kontaktujte vedoucího práce Místo výkonu práce: Mikrobiologický ústav AV ČR, v.v.i.

Nové sacharidové ligandy pro diagnostiku a terapii patologií spojených s galektiny

Garantující pracoviště: Ústav biochemie a mikrobiologie
Mikrobiologický ústav AV ČR, v.v.i.
Studijní program/specializace: ( výuka v českém jazyce )
Školitel: doc. RNDr. Pavla Bojarová, Ph.D.

Anotace


Galektiny jsou živočišné lektiny s afinitou k beta-D-galaktosidům, které se in vivo účastní např. kancerogeneze, kardiopatologií, jsou zapojeny do modulace imunitní odpovědi i průběhu alergické reakce organismu. Koncentraci konkrétních extracelulárních galektinů in vivo lze využít jako diagnostický marker u řady patologií, např. kolorektálního karcinomu. Cílená inhibice extracelulárních galektinů je perspektivním terapeutickým přístupem k léčbě patologií spojených s jejich nadprodukcí. Řada recentních strukturně-funkčních studií se věnuje definování strukturních požadavků na vysoce afinitní a selektivní sacharidové ligandy jednotlivých galektinů. Aviditu specifických sacharidových inhibitorů k vybraným galektinům lze zvýšit i multivalentní prezentací. Cílem práce je příprava nových sacharidových ligandů (glykomimetik) s vysokou afinitou a případně též selektivitou vůči vybraným galektinům. Kromě obvykle studovaných galektinů Gal-1 a Gal-3 bude věnována pozornost zejména skupině tzv. tandemových galektinů (Gal-4, Gal-8, Gal-9). Inhibiční a vazebný účinek těchto glykomimetik vůči vybraným galektinům bude testován in vitro metodami ELISA a dalšími biofyzikálními metodami. Strukturně-afinitní závislosti budou diskutovány v souvislosti s molekulárním modelováním. Připravené ligandy s vysokou afinitou mohou být použity v návazných experimentech s buněčnými kulturami, které jsou zavedené na školitelském pracovišti.
kontaktujte vedoucího práce Místo výkonu práce: Mikrobiologický ústav AV ČR, v.v.i.

Podíl mikroorganismů na produkci skleníkových plynů v zalesněných bažinách severní Evropy

Garantující pracoviště: Ústav biochemie a mikrobiologie
Mikrobiologický ústav AV ČR, v.v.i.
Studijní program/specializace: ( výuka v českém jazyce )
Školitel: Dr. Ing. RNDr. Petr Baldrian, Ph.D.

Anotace


Severské bažiny jsou významnými zdroji skleníkových plynů se značným vlivem na klima - methanu, oxidu dusnatého i oxidu uhličitého. K omezení emisí se často volí kombinace odvodnění bažin a jejich zalesnění. Přestože tímto způsobem lze produkci skleníkových plynů omezit, jejich emise stále pokračují a jejich množství závisí na hospodaření v lesích. Tok skleníkových plynů je nicméně také regulován dalšími faktory, například sezónní aktivitou vegetace a mikroorganismů. Protože mikroorganismy jsou zodpovědné za produkci skleníkových plynů v půdách bažinných lesů, leží klíč k odhalení příčin jejich produkce v porozumění jejich aktivitám a faktorům, které je regulují. V této práci využijeme terénní experimenty na studijních plochách v jižním Finsku, kde probíhá monitoring produkce skleníkových plynů a informace o složení a funkci mikrobiomu v různých vrstvách rašeliny lze vztáhnout k pozorované produkci plynů z půdy. Práce nabídne jak terénní, tak laboratorní práci a analýzu bioinformatických dat. Úspěšné vyřešení práce by mělo napomoci zvolit vhodný management bažinných lesů tak, aby byla produkce skleníkových plynů omezena a aby se zvýšilo ukládání uhlíku z atmosféry do lesní půdy.
kontaktujte vedoucího práce Místo výkonu práce: Mikrobiologický ústav AV ČR, v.v.i.

Příprava definovaných chitosanových oligomerů jako multivalentních nosičů pro bioaktivní glykany

Garantující pracoviště: Ústav biochemie a mikrobiologie
Mikrobiologický ústav AV ČR, v.v.i.
Studijní program/specializace: ( výuka v českém jazyce )
Školitel: doc. RNDr. Pavla Bojarová, Ph.D.

Anotace


Chitin je druhým nejrozšířenějším polymerem v přírodě. Částečnou deacetylací chitinu vzniká chitosan, lineární polymer složený převážně z glukosaminových jednotek (GlcN) a minoritně z N-acetylglukosaminových jednotek (GlcNAc) spojených ?(1?4) glykosidovými vazbami. Chitosan je biokompatibilní, a proto jej lze s výhodou použít v různých biologických a biomedicínských aplikacích. Pro mnoho biologických aplikací je výhodné pracovat s kratšími řetězci chitosanu, tzv. chitooligosacharidy (COS). COS jsou již desítky let intenzivně zkoumány v oblasti medicíny, farmacie, textilního průmyslu, potravinářství nebo zemědělství. Navzdory jejich ohromnému potenciálnímu využití se ve většině studií používají špatně charakterizované heterogenní směsi z důvodu nedostupnosti dobře definovaných COS. Práce bude zaměřena na přípravu autentických, čistých a plně strukturně charakterizovaných chitooligosacharidů a jejich analýzu. Jako zdroj chitinu/chitosanu budou použity exoskelety korýšů, hmyzu (kobylky, včely, tarantule) a houby. Definované COS budou následně využity jako nosiče pro multivalentní prezentaci bioaktivních sacharidů, zejména rutinosy a glykomimetik nesoucích galaktosyl, pro biologické testy s lektiny.
kontaktujte vedoucího práce Místo výkonu práce: Mikrobiologický ústav AV ČR, v.v.i.

Příprava knihovny oligosacharidů lidského mléka v buněčné továrně a jejich vliv na potravinové alergie

Garantující pracoviště: Ústav biochemie a mikrobiologie
Mikrobiologický ústav AV ČR, v.v.i.
Studijní program/specializace: ( výuka v českém jazyce )
Školitel: doc. RNDr. Pavla Bojarová, Ph.D.

Anotace


Oligosacharidy lidského mléka (HMO) tvoří třetí nejvýznamnější složku mateřského mléka po laktóze a tuku. HMO procházejí trávicím traktem bez větších změn a střevní stěnou se částečně vstřebávají do krevního oběhu. Slouží jako prebiotika pro střevní mikrobiom kojenců, což má význam pro náchylnost k alergiím. HMO brání adhezi patogenů na střevní epitel a přímo regulují imunitní systém např. změnou produkce cytokinů. Bylo zjištěno, že HMO zabraňují nebo zmírňují příznaky alergií. Bakteriální buněčné továrny se používají pro výtěžnou enzymovou syntézu HMO bez nutnosti purifikace rekombinantních enzymů. Pro produkci oligosacharidů mateřského mléka jsou vhodné geneticky modifikované kmeny Escherichia coli. Dosavadní aplikace se většinou omezují na základní výběr HMO, zatímco širší spektrum těchto struktur není k dispozici. Předmětem této práce je vývoj syntézy vybraných složitějších HMO, zejména fukosylovaných a/nebo sialylovaných, na platformě E. coli. Tyto sloučeniny budou dále testovány v biologických experimentech týkajících se jejich vlivu na procesy související s vznikem a vývojem alergií, jako např. průchod střevní membránou, exprese relevantních biomarkerů v epiteliálních buňkách ad.
kontaktujte vedoucího práce Místo výkonu práce: Mikrobiologický ústav AV ČR, v.v.i.

Smysl v nesmyslu - chybné kódování tRNA jako terapeutický nástroj? *

Garantující pracoviště: Ústav biochemie a mikrobiologie
Mikrobiologický ústav AV ČR, v.v.i.
Studijní program/specializace: ( výuka v českém jazyce )
Školitel: Mgr. Leoš Valášek, Ph.D.

Anotace


Představte si, že gen je věta začínající velkým písmenem a končící tečkou a genom je kniha vyprávějící celý příběh. U některých prvoků pronikly do vět navíc tečky, které nahrazují konkrétní písmena libovolných slov (konkrétně E a V). Výsl.dkem je, ž. čtenáři (ribozomy) jsou zmat.ni, kde s. tyto věty skutečně nacház.jí, a příběh se stává nesou.islým. V tomto čísle časopisu Nature (https://www.nature.com/articles/s41586-022-05584-2) jsme popisali mol.kulární mechanismus, kt.rý si tyto organismy mus.ly .yvinout, aby se čtenář mohl ori.ntovat ve .ětách, jako by v nich n.byly žádné t.čky. .ěty jsou tak specificky zakódované, že čt.náři žádných jiných organismů, kromě těchto pár, n.mohou příběh v žádném případě rozluštit. Trik spočívá v délc. transf.r RNA molekuly a . unikátní modifikaci j.dnoho prot.inu, který normálně zajišťuj. rozpoznání teček v buňkách – pr.cizní konec syntézy prot.inů. Díky Vzájemné intErakci těchto dvou modifikovaných molEkul ribozom tohoto prvoka Ví, kdy má správně ukončit syntézu, nEhledě na množstVí tEček, a kdy má tEčky nahradit dvěma půVodními písmeny, což Vrací genEtické informaci smysl. ProzkoumEjme společně (https://www.biomed.cas.cz/mbu/lrge/index.html#), jak sE to děje na molEkulární úroVni a zda by to mohlo být Využito ve prospěch lidskÉho zdraVí! *Toto téma a školitel podléhají schválení Vědeckou radou fakulty.
kontaktujte vedoucího práce Místo výkonu práce: Mikrobiologický ústav AV ČR, v.v.i.

Vícekroková enzymová syntéza bioaktivních chitooligomerů s různým stupněm acetylace

Garantující pracoviště: Ústav biochemie a mikrobiologie
Mikrobiologický ústav AV ČR, v.v.i.
Studijní program/specializace: ( výuka v českém jazyce )
Školitel: doc. RNDr. Pavla Bojarová, Ph.D.

Anotace


Projekt pro disertační práci se zaměřuje na vývoj tříkrokové enzymové syntézy bioaktivních chitooligomerů (COS) využitelných v ekologické ochraně plodin. Chitooligomery jsou ?-1-4-vázané oligosacharidy složené z jednotek N-acetylglukosaminu a glukosaminu, jejichž biologická aktivita závisí zejména na jejich stupni polymerace, stupni acetylace a acetylačním vzorci. Chitooligomery jsou známé svou schopností vzbudit imunitní odpověď rostlin, dají se tak využít jako přírodní látky chránící plodiny před mikrobiálními škůdci. V rámci projektu budou připraveny mutantní varianty nové fungální chitinasy se zvýšenou hydrolytickou aktivitou pro zvýšení účinnosti štěpení chitinu, kterým budou připraveny frakce COS s nižšími stupni polymerace. V dalším kroku budou využity mutantní varianty chitinas a ?-N-acetylhexosaminidas s transglykosidasovou aktivitou vhodné pro přípravu chitooligomerů se stupněm polymerace 5-10 v preparativním měřítku. Tyto chitooligomery budou následně částečně deacetylovány pomocí nových chitindeacetylas, čímž získáme frakce COS s různými stupni polymerace a acetylace, které dosud nejsou dostupné. Biologická aktivita připravených chitooligomerů s definovaným stupněm polymerace a acetylace budou testována ve spolupráci s Ústavem experimentální botaniky AV ČR.
kontaktujte vedoucího práce Místo výkonu práce: Mikrobiologický ústav AV ČR, v.v.i.

Vliv managementu lesa na půdní mikrobiální společenstva a environmentální procesy v půdě

Garantující pracoviště: Ústav biochemie a mikrobiologie
Mikrobiologický ústav AV ČR, v.v.i.
Studijní program/specializace: ( výuka v českém jazyce )
Školitel: Dr. Ing. RNDr. Petr Baldrian, Ph.D.

Anotace


Těžba dřeva v lesích je ekonomicky významná, ale zároveň představuje často dramatický zásah do fungování lesních ekosystémů, které plní významné ekologické role. Zatímco obvyklým přístupem těžby v lesích mírného a severského pásma je holoseč (těžba všech dospělých stromů), stále více se využívá i retenčního hospodaření, při němž je část stromů po těžbě ponechávána nesklizená. Záměrem retenčního hospodaření je zachování struktury a funkce tak, aby regenerace lesního porostu po těžbě byla co nejrychlejší a nejúspěšnější. Těžba stromů zásadně ovlivňuje ekosystémové procesy v lese - snižuje se vstup uhlíku do půdy prostřednictvím primární produkce a mění se dostupnost živin v půdách i mikroklimatické podmínky. Těžené plochy tak poskytují příležitost pozorovat vliv snížení primární produkce na půdní procesy. Těžba má zásadní vliv zejména na hlavní skupinu symbiotických hub - ektomykorrhizní houby, které žijí v symbióze s kořeny stromů, méně je známo o vlivu těžby na další skupiny hub a bakterií. Cílem této práce je popsat krátkodobé vlivy těžby dřeva na aktivitu a složení mikrobiálních společenstev v půdách lesů, kde dominují ektomykorrhizní či arbuskulárně mykorrhizní houby. Změny ve fungování ekosystému, jako je rozklad organické hmoty nebo procesy cyklu dusíku budou popsány pomocí analýzy genomového potenciálu a transkripce půdních mikroorganismů. Práce by tak měla objasnit, jak se mění mikrobiální procesy v půdě po disturbanci porostu a poskytnout podklady pro volbu takového hospodaření v lesích, které bude co nejšetrnější a přispěje k zachování funkcí lesa a ukládání uhlíku do lesních půd.
kontaktujte vedoucího práce Místo výkonu práce: Mikrobiologický ústav AV ČR, v.v.i.

Vliv syntetických modifikací na biologickou aktivitu flavonoidů

Garantující pracoviště: Ústav biochemie a mikrobiologie
Mikrobiologický ústav AV ČR, v.v.i.
Studijní program/specializace: ( výuka v českém jazyce )
Školitel: doc. Ing. Kateřina Valentová, Ph.D.

Anotace


Flavonoidy, přírodní sloučeniny nacházející se v různých rostlinách a potravinách, stále budí velký zájem díky svým známým pozitivním biologickým účinkům. Tyto účinky jsou však omezeny jejich nízkou biologickou dostupností po perorálním podání. V rámci práce budou syntetizovány nové deriváty flavonoidů a vyhodnocen vliv různých modifikací na biodostupnost a biologickou aktivitu flavonoidů. Zaměříme se na schopnost připravených derivátů modulovat lékovou rezistenci bakterií, na chelatační aktivitu flavonoidů a jejich inhibiční aktivitu vůči agregaci krevních destiček.
kontaktujte vedoucího práce Místo výkonu práce: Mikrobiologický ústav AV ČR, v.v.i.

Ústav biochemie a mikrobiologie

Bioaktivita nových syntetických drog a jejich enantiomerů

Garantující pracoviště: Ústav biochemie a mikrobiologie
Studijní program/specializace: ( výuka v českém jazyce )
Školitel: Ing. Silvie Rimpelová, Ph.D.

Anotace


Chemické modifikace nelegálních drog vedou ke vzniku nových sloučenin, tedy nových syntetických drog, které obcházejí legislativu. Při zachování farmakoforu takto modifikovaných látek tak napodobují biologické účinky původní drogy, ale s neprozkoumanými farmakologickými účinky a toxicitou, která je často významně vyšší než u původní látky. Tématem práce bude studium nových syntetických drog, a to jak syntetizovaných de novo, tak zachycených na černém trhu. Bude studována toxicita těchto látek na modelových buněčných liniích, metabolismus těchto látek a aktivita vybraných metabolitů. Dále bude určen mód jejich účinku (agonista/antagonista) na vybraných receptorech spřažených s G-proteiny a podrobně se zaměříme na aktivitu a mechanismus účinku jednotlivých enantiomerů vybraných nových syntetických drog.
kontaktujte vedoucího práce Místo výkonu práce: Ústav biochemie a mikrobiologie, FPBT, VŠCHT Praha

Buněčný model kosti in vitro pro testování degradovatelných biomateriálů pro ortopedické aplikace

Garantující pracoviště: Ústav biochemie a mikrobiologie
Studijní program/specializace: ( výuka v českém jazyce )
Školitel: prof. Ing. Tomáš Ruml, CSc.

Anotace


V případě komplikovaných zlomenin se běžně k fixaci používají kovové šrouby a dlahy, které je nutno po zhojení kosti odstranit. Vývoj nových materiálů se proto ubírá i směrem k degradovatelným materiálům s korozní rychlostí odpovídající tempu hojení kosti. Tyto materiály jsou ve většině případů na bázi hořčíku a zinku. Musí splňovat požadavky na mechanické a korozní vlastnosti a také být cytokompatibilní. Výsledky získané s použitím buněčných kultur však ve většině případů nekorelují s následnými testy na zvířatech. Pro zlepšení prediktability i opakovatelnosti je potřeba zavést testy in vitro, které by lépe simulovaly situaci v těle. Byly publikovány studie zabývající se modely kosti; ty se však zaměřují na trvalé implantáty a soustředí se zejména na chování buněk na rozhraní s implantátem. Cílem práce bude zavést systém matrice osazený buněčnou ko-kulturu zahrnující osteoblasty i osteoklasty ve vhodném médiu, který bude co nejlépe mimikovat situaci v těle. Všechny zmíněné parametry (materiál matrice, buněčné typy, médium) budou vybírány a optimalizovány nejen s ohledem na fyziologickou relevanci, ale i s ohledem na dostupnost pro ostatní laboratoře testující nové degradovatelné materiály. V další fázi bude tento buněčný systém propojen s průtočným systémem simulujícím proudění tělních tekutin.
kontaktujte vedoucího práce Místo výkonu práce: Ústav biochemie a mikrobiologie, FPBT, VŠCHT Praha

Fágy fytopatogenních bakterií jako opomíjený faktor interakcí mezi rostlinami a mikrobiomem

Garantující pracoviště: Ústav experimentální botaniky AV ČR, v.v.i.
Ústav biochemie a mikrobiologie
Studijní program/specializace: ( výuka v českém jazyce )
Školitel: doc. Ing. Lenka Burketová, CSc.

Anotace


Bakteriální choroby rostlin způsobují každoročně ztráty až 10 % celosvětové produkce potravin. Na rozdíl od humánních bakterióz nelze k ochraně rostlin využívat antibiotika a současně legislativa EU stále neumožňuje upravovat genom rostlin a zvyšovat jejich rezistenci genovými manipulacemi. Hledání alternativních přístupů při ochraně rostlin je proto vysoce žádoucí. Navrhovaný projekt se zaměřuje na inovativní metodu využití potenciálu bakteriofágů, které jsou dosud téměř výlučně využívané v humánní medicíně, při ochraně rostlin. Student se bude podílet na výzkumu role fágů ve fylosféře rostlin (mikrobiomu asociovaném s nadzemní částí rostliny) a jejich využití k ochraně a prevenci bakterióz u rostlin z čeledí Solanaceae a Brassicaceae. Práce kombinuje přístupy molekulární biologie, mikrobiologie, metagenomiky, bioinformatiky, pokročilé mikroskopie a fyziologie rostlin.
kontaktujte vedoucího práce Místo výkonu práce: Ústav biochemie a mikrobiologie, FPBT, VŠCHT Praha

Faktory virulence <i>Cronobacter sakazakii</i>

Garantující pracoviště: Ústav biochemie a mikrobiologie
Studijní program/specializace: ( výuka v českém jazyce )
Školitel: Ing. Ludmila Karamonová, Ph.D.

Anotace


Bakterie rodu Cronobacter jsou původci poměrně vzácných, nicméně velice vážných nákaz novorozenců spojených s kontaminovanou sušenou kojeneckou výživou. Bylo zjištěno, že ze sedmi stávajících druhů Cronobacter pouze některé kmeny Cronobacter sakazakii jsou schopny persistovat v kojenecké výživě a následně napadnout hostitelský organismus. Cílem této disertační práce je přispět k lepšímu poznání patogenity Cronobacter sakazakii. Bude testována schopnost adheze, invaze a proliferace vybraných kmenů Cronobacter sakazakii v tkáňových kulturách. Tato část práce společně s dostupnými charakteristikami kmenů by měla vyústit ve výběr kmenů, které by mohly být použity ke sledování virulentních faktorů, přispívajích k patogenitě. Virulentní faktory budou hledány za pomoci postupů kvantitativní hmotnostní spektrometrie.
kontaktujte vedoucího práce Místo výkonu práce: Ústav biochemie a mikrobiologie, FPBT, VŠCHT Praha

Fylogeneze a ekologie mikrobiálních populací starých podpovrchových termálních vod

Garantující pracoviště: Ústav biochemie a mikrobiologie
Studijní program/specializace: ( výuka v českém jazyce )
Školitel: prof. Ing. Bc. Ondřej Uhlík, Ph.D.

Anotace


Geotermálně ohřívaná podzemní voda přitahuje pozornost mikrobiologů již několik desetiletí díky svým jedinečným chemickým a tepelným profilům. Analýzy těchto jedinečných ekosystémů identifikovaly ve fylogenetickém stromu života mnoho nových skupin bakteriálního i archeálního původu. Přestože západní Čechy hostí mnoho léčivých termálních pramenů, které jsou považovány za národní bohatství, jejich mikrobiální život zůstává prakticky neprobádaný. Naše předběžné analýzy odhalily obrovskou mikrobiální diverzitu těchto unikátních ekosystémů, která daleko předčila očekávání jak z hlediska fylogenetické, tak funkční/metabolické novosti. Cílem této navrhované práce je prohloubit naše znalosti o fylogenezi a ekologii mikrobiálních populací obývajících staré podpovrchové termální vody Oherského riftu, včetně návrhu nových prokaryotických kmenů a/nebo dalších taxonomických stupňů a poskytnutí jejich charakterizace na základě metagenomických analýz na úrovni jednotlivých genomů.
kontaktujte vedoucího práce Místo výkonu práce: Ústav biochemie a mikrobiologie, FPBT, VŠCHT Praha

Genotypová a fenotypová analýza genetických zdrojů vybraných obilnin - bioinformatický přístup

Garantující pracoviště: Výzkumný ústav rostlinné výroby, v.v.i.
Ústav biochemie a mikrobiologie
Studijní program/specializace: ( výuka v českém jazyce )
Školitel: prof. Ing. Vojtěch Spiwok, Ph.D.

Anotace


Genetické zdroje rostlin jsou důležitým klíčem k adaptaci plodin na měnícím se klima. Základní překážkou je v současné době nedostatek informací o kolekcích uložených ex situ v genových bankách. Proto bylo vytvořeno konsorcium genových bank v rámci Evropy, které získalo projekt H2020 pro masivní fenotypování a genotypování kolekcí pšenice (Triticum aestivum L.) a ječmene (Hordeum vulgare L.). Doktorská práce bude financována z tohoto projektu a bude zaměřena na zpracování jak genotypových dat postupy bioinformatiky, tak i statistické zpracování fenotypových dat. Cílem práce je návrh tzv. core kolekce českých odrůd pšenice a ječmene s maximální diverzitou vybraných znaků a identifikací příslušných lokusů DNA metodou asociačního mapování (GWAS). Na základě výsledků GWAS bude rovněž vytipována tzv. trénovací populace pro šlechtění pšenice na rezistenci ke rzi travní (Puccinia triticina) pomocí genomic selection (GS).
kontaktujte vedoucího práce Místo výkonu práce: Ústav biochemie a mikrobiologie, FPBT, VŠCHT Praha

Intracelulární transport a sekrece nikotinamidfosforibosyltransferasy

Garantující pracoviště: Ústav biochemie a mikrobiologie
Studijní program/specializace: ( výuka v českém jazyce )
Školitel: Ing. Vojtěch Škop, Ph.D.

Anotace


Nikotinamidfosforibosyltransferasa (NAMPT) má vliv na hladinu buněčného NAD tím, že určuje rychlost jeho biosyntézy. Vzhledem k důležitosti NAD a jeho potřebě na mnoha místech buňky, lze očekávat, že NAMPT bude také distribuována ve více buněčných kompartmentech. Intracelulární transport NAMPT však není dostatečně prozkoumán. Nedávno jsme ukázali, že lokalizace NAMPT se mění mezi cytosolickou a jadernou v závislosti na fázi buněčného cyklu a identifikovali jsme jaderný lokalizační signál NAMPT. Kromě toho byla NAMPT nalezena také v extracelulárním prostoru, kde má neznámou funkci a není znám mechanismus její sekrece. Cílem projektu je určit mechanismus jaderného transport NAMPT a identifikovat proteiny, které se ho účastní. Dále je cílem charakterizovat mechanismus sekrece NAMPT. K identifikaci vazebných proteinů NAMPT bude použita ko-precipitace s následnou identifikací proteinů pomocí hmotnostní spektrometrie. Výsledky budou ověřeny dvou‑hybridním expresním systémem a cílenou mutagenezí. Sekreční dráha bude studována za využití fluorescenční mikroskopie v kombinaci s farmakologickými inhibitory a analýzou složení kultivačního média a exozomů. Tento projekt výrazně posune vědomosti o buněčném transportu NAMPT, což v dlouhodobém horizontu přispěje k využití NAMPT v medicíně.
kontaktujte vedoucího práce Místo výkonu práce: Ústav biochemie a mikrobiologie, FPBT, VŠCHT Praha

Multirezistentní kmeny bakterie Acinetobacter: analýza mechanismů antibiotické rezistence

Garantující pracoviště: Ústav biochemie a mikrobiologie
Studijní program/specializace: ( výuka v českém jazyce )
Školitel: doc. Ing. Petra Lipovová, Ph.D.

Anotace


Acinetobacter baumannii představuje gramnegativní mikroorganismus z kategorie ESKAPE, který vážným způsobem ohrožuje veřejné zdraví. Tento patogen vyvolává závažné nozokomiální infekce spojené s vysokou úmrtností. Mechanismy antibiotické rezistence bakterie lze klasifikovat do tří hlavních skupin. Prvním přístupem k rezistenci je omezení permeability membrány nebo zvýšení efluxu antibiotika, což brání jeho dostupnosti k cílovým strukturám. Druhým mechanismem je ochrana cíle antibiotika skrze genetické mutace nebo posttranslační modifikace. Třetí typ obrany tvoří enzymy, známé jako destruktasy, které přímo inaktivují antibiotika prostřednictvím modifikace nebo hydrolýzy, čímž znehodnocují jejich účinnost. Cílem této práce je především nalézt vhodné inhibitory těchto destruktas a objasnit mechanismus působení. Multirezistentní bakterie velmi často nepoužívají pouze jeden typ obrany proti antibiotiku, proto pro objasnění účinku různých syntetických i přírodních látek, které budou navracet účinnost antibiotika, je nutné připravit jednotlivé destruktasy rekombinantně a přímo na takto připravených enzymech ověřit přesný mechanismus působení účinných látek.
kontaktujte vedoucího práce Místo výkonu práce: Ústav biochemie a mikrobiologie, FPBT, VŠCHT Praha

Multirezistentní kmeny bakterie <i>Acinetobacter</i>: analýza mechanismů antibiotické rezistence

Garantující pracoviště: Ústav biochemie a mikrobiologie
Studijní program/specializace: ( výuka v českém jazyce )
Školitel: doc. Ing. Petra Lipovová, Ph.D.

Anotace


Acinetobacter baumannii představuje gramnegativní mikroorganismus z kategorie ESKAPE, který vážným způsobem ohrožuje veřejné zdraví. Tento patogen vyvolává závažné nozokomiální infekce spojené s vysokou úmrtností. Mechanismy antibiotické rezistence bakterie lze klasifikovat do tří hlavních skupin. Prvním přístupem k rezistenci je omezení permeability membrány nebo zvýšení efluxu antibiotika, což brání jeho dostupnosti k cílovým strukturám. Druhým mechanismem je ochrana cíle antibiotika skrze genetické mutace nebo posttranslační modifikace. Třetí typ obrany tvoří enzymy, známé jako destruktasy, které přímo inaktivují antibiotika prostřednictvím modifikace nebo hydrolýzy, čímž znehodnocují jejich účinnost. Cílem této práce je především nalézt vhodné inhibitory těchto destruktas a objasnit mechanismus působení. Multirezistentní bakterie velmi často nepoužívají pouze jeden typ obrany proti antibiotiku, proto pro objasnění účinku různých syntetických i přírodních látek, které budou navracet účinnost antibiotika je nutné připravit jednotlivé destruktasy rekombinantně a přímo na takto připravených enzymech ověřit přesný mechanismus působení účinných látek.
kontaktujte vedoucího práce Místo výkonu práce: Ústav biochemie a mikrobiologie, FPBT, VŠCHT Praha

Odhalení molekulární podstaty nehostitelské rezistence k <i>Leptoshaeria maculans</i> u rostlin z čeledi Brassicaceae

Garantující pracoviště: Ústav experimentální botaniky AV ČR, v.v.i.
Ústav biochemie a mikrobiologie
Studijní program/specializace: ( výuka v českém jazyce )
Školitel: doc. Ing. Lenka Burketová, CSc.

Anotace


Řepka olejná (Brassica napus) je celosvětově druhou nejvýznamnější olejninou. Její produkci omezují patogeny a škůdci. Mezi nejzávažnější z nich patří askomyceta Leptosphaeria maculans, původce fómového černání stonků řepky. Projekt se zaměřuje na nehostitelskou rezistenci k tomuto patogenu, která je založena na základních mechanismech rostlinné imunity a není snadno překonávána selekcí virulentních ras patogenu v populaci. S využitím přirozené variability modelové rostliny Arabidopsis thaliana a přístupů molekulární biologie, mikrobiologie, bioinformatiky, pokročilé mikroskopie a fyziologie rostlin, se práce zaměří na odhalení podstaty nehostitelské rezistence u B. napus a dalších rostlin z čeledi Brassicaceae.
kontaktujte vedoucího práce Místo výkonu práce: Ústav biochemie a mikrobiologie, FPBT, VŠCHT Praha

Relativní kvantifikace proteinových složek v potravinách

Garantující pracoviště: Ústav biochemie a mikrobiologie
Studijní program/specializace: ( výuka v českém jazyce )
Školitel: doc. Ing. Mgr. Štěpánka Kučková, Ph.D.

Anotace


Falšování potravin je v současné době velkým celospolečenským problémem. Velmi často se nahrazuje dražší komodita levnější a nebo se nedodržují deklarovaná množství použitých surovin. A přitom není mnoho spolehlivých a přesných metod, které by se pro ověřování zastoupení proteinových složek v potravinách používaly. Předmětem dizertační práce bude testování různých metod relativní kvantifikace (typu label-free jako jsou např. TOP3 nebo spectral count) proteinových složek obsažených v potravinách pomocí hmotnostní spektrometrie (LC-ESI-Q-TOF nebo TIMS TOF).
kontaktujte vedoucího práce Místo výkonu práce: Ústav biochemie a mikrobiologie, FPBT, VŠCHT Praha

Skladba a koalescence mikrobiálních společenstev v rámci rostlinného mikrobiomu

Garantující pracoviště: Ústav biochemie a mikrobiologie
Studijní program/specializace: ( výuka v českém jazyce )
Školitel: prof. Ing. Bc. Ondřej Uhlík, Ph.D.

Anotace


Rostliny jsou primárními dodavateli uhlíku do půdy, a to především prostřednictvím procesu rhizodepozice. Rhizodepozity obsahují jedinečné chemické signály úzce spojené se sestavováním společenstev v rámci rostlinného mikrobiomu. Rhizodepozity přímo ovlivňují mikrobiální populace jako atraktanty, repelenty nebo antimikrobiální látky a mění vlastnosti půdy ve prospěch rostlin. Po zániku rostliny přetrvávající "zděděný mikrobiom" významně ovlivňuje růst následujících generací rostlin. Pochopení jak toho, jakou roli hrají specifické rhizodepozity při utváření struktury půdních mikrobiálních společenstev vázaných na rostliny a modulaci jejich metabolické aktivity, tak i dědictví v tvorbě mikrobiomu vázaného na rostliny, je pro udržitelné zemědělství zásadní. Cílem této práce je prohloubit naše znalosti tvorby a koalescence mikrobiálních společenstev v rámci rostlinného mikrobiomu.
kontaktujte vedoucího práce Místo výkonu práce: Ústav biochemie a mikrobiologie, FPBT, VŠCHT Praha

Strojové učení pro studium struktury a dynamiky proteinů

Garantující pracoviště: Ústav biochemie a mikrobiologie
Studijní program/specializace: ( výuka v českém jazyce )
Školitel: prof. Ing. Vojtěch Spiwok, Ph.D.

Anotace


Metody strojového učení, obzvláště pak program AlphaFold, umožnily v posledních letech efektivně předpovídat struktury proteinů. Následníkem programu AlphaFold s řadou vylepšení a s plně otevřeným kódem (včetně parametrů modelu) je program OpenFold. Jeho výhodou je možnost provádět učení tohoto programu vlastními daty. Cílem projektu bude rozšířit možnosti aplikace OpenFoldu pro účely studia struktury a dynamiky proteinů, například obohacením vstupu o experimentální data nebo výstupy z molekulárních simulací.
kontaktujte vedoucího práce Místo výkonu práce: Ústav biochemie a mikrobiologie, FPBT, VŠCHT Praha

Strukturní změny vyvolané interakcí proteinů RNA virů s RNA a membránami

Garantující pracoviště: Ústav biochemie a mikrobiologie
Studijní program/specializace: ( výuka v českém jazyce )
Školitel: prof. Ing. Tomáš Ruml, CSc.

Anotace


Virové proteiny podstupují řadu klíčových interakcí od okamžiku své produkce až po vytvoření infekční virové částice. Tyto interakce vedou k replikaci a inkorporaci specifické genomové RNA, umožnují transport na místo sestavení částice a zajišťují získání virového obalu ve formě membrány obohacené virovými obalovými proteiny. Všechny tyto interakce jsou specifické a vyvolávají konformační změny, z nichž některé slouží jako signály pro následující fáze virového životního cyklu. Cílem této studie je provést detailní charakterizaci interakcí virových proteinů s RNA a membránovými lipidy pomocí biochemických a molekulárně biologických metod a popsat strukturální změny, které jsou těmito interakcemi vyvolány.
kontaktujte vedoucího práce Místo výkonu práce: Ústav biochemie a mikrobiologie, FPBT, VŠCHT Praha

Studium dynamiky nestrukturovaných proteinů pomocí strojového učení

Garantující pracoviště: Ústav biochemie a mikrobiologie
Studijní program/specializace: ( výuka v českém jazyce )
Školitel: prof. Ing. Vojtěch Spiwok, Ph.D.

Anotace


Přestože si funkci proteinů obvykle spojujeme s prostorovou strukturou, existuje podstatná část proteinů bez stabilní prostorové struktury, ale přesto s jasnou biologickou funkcí. Je proto důležité efektivně studovat jejich struktut a dynamiku. Program AlphaFold dokáže kromě predikce prostorových struktur proteinů predikovat i která část proteinu je nestrukturovaná. Proto se zdá být vhodným zdrojem informací pro studium dynamiky nestrukturovaných proteinů. Cílem projektu bude zkombinovat AlphaFold a molekulové simulace pro studium dynamiky nestrukturovaných proteinu a vyvinout a otestovat příslušné nástroje.
kontaktujte vedoucího práce Místo výkonu práce: Ústav biochemie a mikrobiologie, FPBT, VŠCHT Praha

Studium protinádorové aktivity vybraných antimitotik a jejich kombinací s biologicky aktivními látkami ve 2D a 3D modelech nádorových buněk

Garantující pracoviště: Ústav biochemie a mikrobiologie
Studijní program/specializace: ( výuka v českém jazyce )
Školitel: Ing. Silvie Rimpelová, Ph.D.

Anotace


Tématem disertační práce je studium protinádorového účinku mitotických jedů, jako je kolchicin a paklitaxel, v kombinaci dalšími biologicky aktivními látkami hrajícími roli v modulaci autofagie a inhibici P-glykoproteinů. Budou studovány kombinační účinky těchto látek s antimitotiky ve 2D a 3D buněčných modelech nádorových a nenádorových linií. Zaměříme se na mechanismus účinku těchto látek, cílené zvýšení selektivity pro nádorové buňky a vyvolání imunitní odpovědi. Kromě toho bude vyvinut nanosystém pro cílené doručení nejpotentnějších kombinací studovaných látek.
kontaktujte vedoucího práce Místo výkonu práce: Ústav biochemie a mikrobiologie, FPBT, VŠCHT Praha

Terapeutický potenciál podpory metabolismu NAD

Garantující pracoviště: Ústav biochemie a mikrobiologie
Studijní program/specializace: ( výuka v českém jazyce )
Školitel: Ing. Vojtěch Škop, Ph.D.

Anotace


NAD je klíčový koenzym zapojený do mnoha buněčných procesů, včetně energetického metabolismu a opravy DNA. S postupujícím stářím organismu a při výskytu závažných onemocnění však dochází k poklesu hladin buněčného NAD. Cílem práce je studovat terapeutické možností zvýšení hladin buněčného NAD v léčbě srdečního selhání a diabetické neuropatie. Pomocí in vitro experimentů budou zkoumány specifické mechanismy, skrze které NAD ovlivňuje buněčné procesy, zejména oxidační kapacitu kardiomyocytů a glykační poškození neuronů Schwanových buněk. Výzkum se následně rozšíří na in vivo studie s využitím zvířecích modelů, což přinese komplexnější porozumění fyziologických dopadů modulace NAD. Celý projekt výrazně přispěje k porozumění úlohy NAD v srdečním selháním a diabetické neuropatii, a možnostem léčby těchto onemocnění pomocí zvýšení hladiny NAD. Očekáváme, že výsledky této studie poskytnout podnět k vývoji nových léčebných postupů, což by mohlo zvýšit kvalitu života pacientů.
kontaktujte vedoucího práce Místo výkonu práce: Ústav biochemie a mikrobiologie, FPBT, VŠCHT Praha

Testování látek s potenciálem využití v dermokosmetickém průmyslu

Garantující pracoviště: Ústav biochemie a mikrobiologie
Studijní program/specializace: ( výuka v českém jazyce )
Školitel: doc. Ing. Jitka Viktorová, Ph.D.

Anotace


Z pohledu dostupnosti a realizovatelnosti výstupů nabízí dermokosmetický průmysl jednodušší a rychlejší cestu k prosazení biologicky aktivních látek na trh v porovnání s farmeceutickým průmyslem. Cílem této práce je zavedení běžných i pokročilých metod pro testování slibných sloučenin a následně i jejich syntetických derivátů ve snaze sledování vztahu struktury a aktivity. Pozornost bude věnována protizánětlivým, antimikrobiálním, protinádorovým i hojivým látkám. V rámci testování budou využity mikrobiální kultury i buněčné kultury odvozené od lidských tkání. Testování bude probíhat jak v jednobuněčných, tak vícebuněčných kulturách; jak v 2D, tak 3D uspořádání buněčných kultur.
kontaktujte vedoucího práce Místo výkonu práce: Ústav biochemie a mikrobiologie, FPBT, VŠCHT Praha

Vliv a mechanismus působení nanodiamantových materiálů na vybrané mikroorganismy

Garantující pracoviště: Ústav biochemie a mikrobiologie
Studijní program/specializace: ( výuka v českém jazyce )
Školitel: doc. Ing. Hana Stiborová, Ph.D.

Anotace


Porozumění interakcí nanodiamantových (ND) materiálů s mikroorganismy je klíčové pro základní i aplikovaný výzkum zahrnující například vývoj funkčních biosenzorů, vývoj materiálů na bázi nanodiamantových tenkých vrstev s antimikrobiálními účinky nebo k rychlé detekci mikroorganismů. Nanodiamanty mohou mít široce laditelný povrchový náboj, mohou být stabilizovány vazbou do nanokompozitu nebo dekorovány kovovými nanočásticemi. Těmito mechanismy je možné ovlivnit nejen jejich elektro-optické vlastnosti, ale také interakce s mikroorganismy. V rámci mechanismu působení ND na mikroorganismy bude hodnocena afinita k povrchu buňky, průnik buněčnou stěnou, vliv velikosti ND a jejich zeta potenciálu, tvaru, sp2/sp3 struktury a chemického složení povrchu. Dizertační práce bude rovněž zaměřena na jejich následnou aplikaci, například jako součást senzorů.
kontaktujte vedoucího práce Místo výkonu práce: Ústav biochemie a mikrobiologie, FPBT, VŠCHT Praha

Vybrané biologicky aktivní látky a jejich deriváty s potenciálem pro terapii nádorových onemocnění

Garantující pracoviště: Ústav biochemie a mikrobiologie
Studijní program/specializace: ( výuka v českém jazyce )
Školitel: Ing. Silvie Rimpelová, Ph.D.

Anotace


Tématem práce je studium látek izolovaných z přírodních zdrojů a syntetizovaných de novo s potenciálem inhibovat proliferaci nádorových buněk a aktivovat imunitní odpověď. Práce je zaměřena zejména na kardioglykosidy, jako je digitoxin nebo digoxin, a antimitotika, jako je kolchicin nebo paklitaxel. Budou studovány biologické účinky nově připravených derivátů těchto látek na 2D a 3D buněčných modelech nádorových a nenádorových linií. Zaměříme se na mechanismus účinku těchto látek, cílené zvýšení selektivity pro nádorové buňky a vyvolání imunitní odpovědi. Kromě toho bude vyvinut nanosystém pro cílené doručené nejpotentnějších derivátů studovaných látek.
kontaktujte vedoucího práce Místo výkonu práce: Ústav biochemie a mikrobiologie, FPBT, VŠCHT Praha

Vztah endofytní mikrobioty a metabolomu rostlin

Garantující pracoviště: Ústav biochemie a mikrobiologie
Studijní program/specializace: ( výuka v českém jazyce )
Školitel: doc. Ing. Petra Lovecká, Ph.D.

Anotace


V poslední době je předmětem intenzivního vědeckého zájmu výzkum zaměřený na studium neobvyklých přírodních zdrojů a neprozkoumaných míst výskytu mikroorganismů. Bylo prokázáno, že vztahy endofytních bakterií a mikroskopických vláknitých hub s rostlinami mají velký potenciál vytvářet nové vzácné sekundární metabolity s jedinečnými zdraví prospěšnými, technologickými a nutričními vlastnosti. Podstatou práce bude studium vzájemných vztahů mezi mikrobiálními endofyty a rostlinami. K tomu budou využity pokročilé nástroje moderní analytické chemie – metabolomický fingerprinting / profilování pomocí vysokorozlišovací hmotnostní spektrometrie. Bude posuzován i potenciál endofytů bránit růstu patogenních vláknitých hub a tvorbě mykotoxinů.
kontaktujte vedoucího práce Místo výkonu práce: Ústav biochemie a mikrobiologie, FPBT, VŠCHT Praha

Zvýšení účinnosti aminoglykosidových a makrolidových antibiotik u stafylokokových infekcí

Garantující pracoviště: Ústav biochemie a mikrobiologie
Studijní program/specializace: ( výuka v českém jazyce )
Školitel: doc. Ing. Jan Lipov, Ph.D.

Anotace


Hledání nových adjuvans je jednou z nejslibnějších cest boje proti multirezistentním bakteriím. Jedním z klinicky nejvýznamnějších problemů jsou rezistence stafylokoků k aminoglykosidovým a makrolidovým antibiotikům, které jsou způsobeny zejména přítomností modifikačních enzymů. Cílem práce je zavedení, rozšíření a validace platformy umožňující identifikaci nových potenciálních inhibitorů těchto enzymů pomocí testování knihovny látek. Platforma umožní přesné určení cílového enzymu a kvantifikaci účinnosti v porovnání se známými inhibitory.
kontaktujte vedoucího práce Místo výkonu práce: Ústav biochemie a mikrobiologie, FPBT, VŠCHT Praha

Ústav chemické technologie restaurování památek

Vliv složení mikrobiomu na biodeterioraci archiválií

Garantující pracoviště: Ústav biochemie a mikrobiologie
Ústav chemické technologie restaurování památek
Studijní program/specializace: ( výuka v českém jazyce )
Školitel: doc. Ing. Hana Stiborová, Ph.D.

Anotace


Kulturní dědictví představuje vše co lidstvo vytvořilo v minulosti a co je základem dalšího kulturního rozvoje každého národa. Biodeteriorace archiválií je velkým problémem, kterému se v současné době věnuje náležitá pozornost. Abychom mohli kulturní objekty ochránit před zničením musíme identifikovat původce. Z toho vyplývá potřeba stanovit u sledovaných objektů tzv. mikrobiom, což je společenství mikroorganismů, nacházejících se na povrchu archiválií, které svou metabolickou činností přispívají k biodeterioraci kulturních objektů. Cílem disertační práce je identifikovat a isolovat přítomné mikroorganismy na vybraných archiváliích a navrhnout šetrné způsoby jejich odstranění.
kontaktujte vedoucího práce Místo výkonu práce: Ústav chemické technologie restaurování památek, FCHT, VŠCHT Praha

Ústav organické chemie a biochemie AV ČR, v.v.i.

Inhibitory intramembránových proteas z rodiny rhomboidů

Garantující pracoviště: Ústav biochemie a mikrobiologie
Ústav organické chemie a biochemie AV ČR, v.v.i.
Studijní program/specializace: ( výuka v českém jazyce )
Školitel: Ing. Kvido Stříšovský, Ph.D.

Anotace


Navrhovaný doktorský projekt se zaměří na vývoj inhibitorů a sond pro intramembránové proteázy z rodiny rhomboidů, které se podílejí na regulaci mitofágie, invaze parazita způsobujícího malárii a homeostázy epitelu. Předchozí práce v laboratoři školitele ukázala, že peptidyl ketoamidy jsou silnými inhibitory rhomboidních proteáz. Cílem disertační práce bude vytvořit platformy pro zkoumání a zlepšení účinnosti a selektivity této třídy sloučenin pro rhomboidy a vyvinout účinné inhibitory a sondy pro specifické romboidní proteasy zapojené do Parkinsonovy choroby a epiteliální homeostázy. Tyto sloučeniny umožní a usnadní biologické studie proteinů z rodiny rhomboidů a poslouží jako východisko pro potenciální farmakologické aplikace.
kontaktujte vedoucího práce Místo výkonu práce: Ústav organické chemie a biochemie AV ČR, v.v.i.

Kryogenní elektronová mikroskopie strukturní biologie nemocí: Racionální design inhibitorů RNA polymerázy viru chřipky na bázi virových RNA

Garantující pracoviště: Ústav biochemie a mikrobiologie
Ústav organické chemie a biochemie AV ČR, v.v.i.
Studijní program/specializace: ( výuka v českém jazyce )
Školitel: Mgr. Tomáš Kouba, Ph.D.

Anotace


Účinná léčba proti virům chřipky často selhává kvůli virové rezistenci. Zkoumání a vývoj nových léčiv je náročné, protože existuje pouze omezený počet antivirových terapeutických cílů pro racionální návrh léků. Tento projekt bude řešit obojí; prozkoumá a ověří nový terapeutický cíl a vyvine proti němu inhibitory. Nedávné výsledky ve strukturní biologii chřipkové RNA-dependentní RNA polymerázy (FluPol) pomocí kryogenní elektronové mikroskopie (cryo-EM) identifikovaly nový obecný mechanismus v procesu transkripce a replikace virové genomové RNA. Mechanismus je zcela závislý na vazbě virových endogenních molekul RNA na specifická vazebná místa na FluPol. S pomocí již existujících cryo-EM struktur komplexů virových RNA s FluPol navrhneme inhibitory založené na RNA sekvenci, atomové struktuře a interakcích s bílkovinou FluPol. Navíc navrhneme rozsáhlou chemickou modifikaci těchto RNA molekul. Poté otestujeme, zda takto modifikovaně RNA mohou inhibovat FluPol in vitro a v experimentech na buňkách. Zacílení na tato FluPol vazebná místa RNA a použití modifikovaných molekul na bázi RNA je inovativní koncept a očekává se, že bude robustní proti vývoji virové rezistence.
kontaktujte vedoucího práce Místo výkonu práce: Ústav organické chemie a biochemie AV ČR, v.v.i.

Regulace růstu a metabolismu

Garantující pracoviště: Ústav biochemie a mikrobiologie
Ústav organické chemie a biochemie AV ČR, v.v.i.
Studijní program/specializace: ( výuka v českém jazyce )
Školitel: David Marcelo Sabatini, M.D., Ph.D.

Anotace


Máme dlouhodobý zájem o regulaci růstu a metabolismu, který pramení z naší rané práce studující dráhu proteinkinázy mTOR. Ta je považována nyní za hlavní regulátor růstu a anabolismu u eukaryot a reaguje na různé podněty, včetně živin. Během naší práce jsme zjistili, že lysozomy hrají klíčovou roli v aktivaci mTORC1 pomocí živin. Proto jsme začali studovat lysozomy i jiné organely. Dostupné projekty: (1) Detekce živin pomocí mTOR. Zaměříme se na: identifikaci senzoru pro glukózu v dráze mTORC1 a nutričního senzoru u jiných živočichů než u savců; pochopení, jak fungují známé senzory živin in vivo; a objasnění biochemické funkce GATOR2. (2) Lysozomy v normální fyziologii a nemoci. Pomocí metodologie Lyso-IP a screeningu CRISPR se budem snažit: pochopit, jak neurodegenerativní onemocnění ovlivňují funkci lysozomů; identifikovat obsah lysozomů ve specializovaných buňkách, jako jsou imunitní buňky. (3) Metody studia metabolismu malých molekul in vivo. Budeme se snažit vyvinout metody ke studiu metabolismu sacharidů v myších buňkách in vivo. (4) Vývoj léčivům podobných látek. Ve spolupráci s chemiky na IOCB a i jinde se budeme snažit vyvinout léčivům podobné látky, které cílí na komponenty mTOR dráhy a také na lysozomální a mitochondriální proteiny.
kontaktujte vedoucího práce Místo výkonu práce: Ústav organické chemie a biochemie AV ČR, v.v.i.

Studium vstupu respiračních virů do buňky: Porovnání interaktomů koronavirů a viru chřipky A během časné fáze infekce

Garantující pracoviště: Ústav biochemie a mikrobiologie
Ústav organické chemie a biochemie AV ČR, v.v.i.
Studijní program/specializace: ( výuka v českém jazyce )
Školitel: Mgr. Jan Weber, CSc.

Anotace


Vstup virů do hostitelské buňky je důležitý první krok, hlavně u respiračních virů s velkým pandemickým potenciálem jako je SARS-CoV-2 a virus chřipky A. Porovnání interaktomů koronavirů a viru chřipky A a porozumění časným interakcím virových a buněčných proteinů může pomoci při vývoji cílené, nebo naopak širokospektrální antivirové terapie. Hlavním cílem tohoto projektu je porozumět virovým a buněčným faktorům ovlivňujícím vstup respiračních virů do buňky. Za tímto účelem použijeme několik kmenů koronavirů a viru chřipky A, u kterých je známo, že využívají různé cesty vstupu do hostitelské buňky, a porovnáme jejich buněčný interaktom v době vstupu a během časných fází infekce. Z identifikovaných buněčných interakčních partnerů budou vybráni zajímaví kandidáti, kteří budou dále zkoumáni z hlediska jejich role v životním cyklu viru. Student se naučí pracovat s tkáňovými kulturami v laboratoři s úrovní technického zabezpečení 3, analyzovat proteomická a bioinformační data, a provádět siRNA experimenty snižující genovou expresi v savčích buňkách infikovaných různými viry. Navržený projekt rozšíří naše současné vědění o časné fázi infekce savčích buněk respiračními viry.
kontaktujte vedoucího práce Místo výkonu práce: Ústav organické chemie a biochemie AV ČR, v.v.i.
Aktualizováno: 25.3.2022 17:14, Autor: Jan Kříž

VŠCHT Praha
Technická 5
166 28 Praha 6 – Dejvice
IČ: 60461373
DIČ: CZ60461373

Datová schránka: sp4j9ch

Za informace odpovídá: Fakulta potravinářské a biochemické technologie
Technický správce: Výpočetní centrum

Copyright VŠCHT Praha
zobrazit plnou verzi