Počátky současné FPBT a vysoké školy samotné se datují do roku 1952, kdy byla VŠCHT, tehdy jako Vysoká škola chemická v Praze, vyčleněna ze svazku ČVUT.

Fakulta potravinářské technologie byla zřízena 14.listopadu 1952 jako jedna ze tří zakládajících fakult (anorganické technologie, organické technologie) nové vysoké školy. V roce 1953 byla zřízena i fakulta chemické technologie paliv a škola přejmenován a Vysokou školu chemicko-technologickou v Praze – VŠCHT. 

V průběhu roku 1953 byly ustanoveny katedry, které ve své podstatě v podobě fakultních ústavů existují dodnes.

  • Katedra biologických věd
  • Katedra chemie a zkoušení potravin
  • Katedra kvasné technologie
  • Katedra technologie sacharidů
  • Katedra technologie mléka a tuku
  • Katedra konzervárenské technologie

Od roku 1969 působí fakulta pod jménem: Fakulta potravinářské a biochemické technologie.