Počkejte prosím chvíli...
Nepřihlášený uživatel
Nacházíte se: VŠCHT PrahaFPBT  → Studium → Doktorské studium → Temata disertacnich praci
iduzel: 25159
idvazba: 31857
šablona: stranka
čas: 19.9.2019 20:57:20
verze: 4603
uzivatel:
remoteAPIs: https://cis-web-test.vscht.cz/redirect/
branch: trunk
Obnovit | RAW

Témata disertačních prací pro rok 2019/2020

Ústav biochemie a mikrobiologie

Biochemie

Studijní program: Chemie (čtyřletá)

Biologická aktivita a složení vietnamských medů pocházejících z rostlinných monokultur

Ruml Tomáš, prof. Ing. CSc. ( r...@vscht.cz)
Bude analyzováno složení a vybrané biologické aktivity medů produkovaných včelami z kávovníkových a čajovníkových monokultur. Výsledky budou porovnány s analýzou odpovídajících květů.

Enzymy metabolizující fosfolipidy jako komponenty imunitní odpovědi rostlin

Valentová Olga, prof. RNDr. CSc. ( val...@vscht.cz)
Junková Petra, Ing. Ph.D. ( jun...@vscht.cz)
Rostliny disponují velmi komplexními obrannými mechanismy, které jim umožňují překonat napadení patogenními mikroorganismy. Tyto procesy jsou hormonálně regulovány, jedním z významných hráčů je kyselina salicylová. Téma disertace je zaměřeno na studium úlohy enzymů metabolizujících fosfolipidy v signální dráze kyseliny salicylové. Bude využit především proteomický přístup k hledání interakčních partnerů těchto enzymů nebo proteinů interagujících s produkty reakcí katalyzovaných těmito enzymy.

Membránový proteom bakterií rodu Cronobacter

Karamonová Ludmila, Ing. Ph.D. ( Lud...@vscht.cz)
Bakterie rodu Cronobacter jsou oportunní patogeny způsobující vzácné, ale nebezpečné infekce zasahující převážně jedince s oslabeným imunitním systémem a novorozence. Ačkoli jsou podle WHO všechny druhy tohoto rodu považovány za patogenní, zástupci určitých druhů (C. sakazakii, C. malonaticusC. turicensis) mezi původci těchto onemocnění převažují. O mechanismu vzniku infekce toho není mnoho známo. Jelikož se do procesu patogeneze zapojují převážně proteiny, které jsou součástí bakteriální membrány, je pozornost upírána hlavně tímto směrem. Cílem této práce bude zmapovat membránový proteom zástupců jednotlivých druhů bakterií rodu Cronobacter s vyhledáváním mezidruhových rozdílů. Návazné sledování imunogenity vybraných proteinů by mohlo přispět k budoucímu vývoji specifických imunochemických metod schopných detekce těchto nebezpečných patogenů.

Nové přístupy ke studiu kostních tkání na molekulární úrovni

Hynek Radovan, prof. Dr. Ing. ( hyn...@vscht.cz)
Studium kostních tkání na molekulární úrovní má řadu úskalí vyplývajících zejména ze skutečnosti, že proteiny jsou obsaženy v nerozpustné matrici.
Cílem dizertační práce je najít nové přístupy, které by umožnily metodický posun v této oblasti.

Sledování degradačních změn v proteinových materiálech pomocí hmotnostní spektrometrie

Kučková Štěpánka, doc. Mgr. Ing. Ph.D. ( kuc...@vscht.cz)
V uměleckých objektech jsou často přítomny proteinové materiály, např. ve formě pojiv barevných vrstev obrazů či aditiv v historických budovách, nebo jsou samy tvořeny proteinovými materiály (např. pergameny). Během stárnutí tyto materiály degradují a tím vznikají poškození, která snižují kvalitu uměleckých děl. Nebo jsou tyto změny naopak uměle vyvolávány, aby mohlo dojít k vytvoření dojmu, že namísto nově vytvořeného díla se jedná o objekt mnohem starší a tím obvykle i cennější.
Cílem této práce je pomocí hmotnostní spektrometrie zjistit k jakým změnám dochází během přirozeného a uměle vytvořenými podmínkami urychleného stárnutí na molekulární úrovni. Toto zjištění by mohlo přispět k odhalování padělků anebo napomoci s výběrem vhodných podmínek pro dlouhodobou depozici uměleckých objektů.

Studium biologických vlastností nových psychoaktivních látek

Lipovová Petra, doc. Ing. Ph.D. ( kar...@vscht.cz)
Lipov Jan, Ing. Ph.D. ( lip...@vscht.cz)
V posledních letech se obrací pozornost na využití klasických i nových psychoaktivních látek (NPS) v medicíně, hlavně v psychiatrii. Ukazuje se, že jejich potenciál by mohl být využit k léčbě depresí, posttraumatické stresové poruchy či sociálních fobií. Tyto psychoaktivní látky ovlivňují především serotonergní a katecholaminergní (dopaminergní, noradrenergní) systém. Jedním z cílů psychoaktivních látek je monoaminooxidasa, což je enzym metabolismu exogenních aminů a reguluje hladinu neurotransmiterů, jako jsou dopamin, serotonin a noradrenalin. Selektivní inhibitory dvou známých isoforem tohoto enzymu (MAO-A a MAO-B) jsou používány pro léčbu depresí a Alzheimerovy či Parkinsonovy choroby. Dalšími cíli pro terapeutické využití NPS jsou serotoninové a dopaminové receptory, přenašeče těchto neurotransmiterů a vesikulární přenašeče. Cílem této práce bude příprava stabilní buněčné linie produkující neurotransmiterové receptory např. podtypy receptorů 5-HT2, 5-HT1 a receptory rodiny D1 a D2. Dalším cílem bude sledování vlivu NPS na aktivitu MAO-A a MAO-B a také sledování interakcí mezi NSP a přenašeči neurotransmiterů, které se podílejí na zpětném vychytávání neurotransmiterů. Tato práce bude uskutečňována ve spolupráci s Národním ústavem duševního zdraví a je finančně podporovaná z grantových prostředků.

Testování nových látek s potenciálem modulace resistence u mnohočetně-lékově rezistentních kmenů

Macek Tomáš, prof. Ing. CSc. ( tom...@vscht.cz)
Viktorová Jitka, Ing. Ph.D. ( pro...@vscht.cz)
Knihovna látek - izolovaných z přírodních zdrojů nebo syntetizovaných de novo s potenciálem inhibovat mnohočetnou lékovou rezistenci, bude testována na rezistentních kmenech zahrnujících jak bakteriální, tak nádorové buněčné modely. Speciální pozornost bude věnována inhibici transmembránových přenašečů sloužících k mezibuněčné komunikaci (quorum sensing), jejichž aktivace vede k expresi virulentních faktorů či tvorbě biofilmů a přenašečů sloužících jako efluxní pumpy léčiv (např. methicillin, doxorubicin). Cílem této práce je příprava databáze látek modulujících aktivitu transmembránových přenašečů zodpovědných za mnohočetnou lékovou rezistenci nádorových buněk a bakteriálních kmenů. Tyto látky pak mohou být přímo využity ve farmaceutickém nebo dermokosmetickém průmyslu či mohou sloužit jako templáty pro molekulární modelování a cílený design modulátorů.

Analýza genové exprese na úrovni jednotlivých buněk

Kubista Mikael, prof. Dr. Ph.D. ( Mik...@ibt.cas.cz)
Valihrach Lukáš, Ing. Ph.D. ( Luk...@ibt.cas.cz)
Analýza jednotlivých buněk je atraktivním a náročným oborem moderní molekulární biologie a medicíny, jejíž hlavním cílem je studium biologických otázek s jednobuněčným rozlišením. Tento přístup pomáhá charakterizovat heterogenitu buněk a popsat komplexní odezvu organismu na různé fyziologické a patofyziologické podněty. Reverzní transkripce PCR (RT-qPCR) a RNA sekvenování (RNA-seq) jsou nejčastěji používané technologie pro analýzu jednotlivých buněk. Ačkoli obě technologie jsou již běžnými nástroji pro analýzu genové exprese, jejich aplikace na úrovni jenotlivých buněk je stále náročná. Cílem disertační práce práce bude zavést a experimentálně validovat efektivní protokol pro analýzu jednotlivých buněk pomocí techniky RT-qPCR a RNA-Seq zahrnující laboratorní část a analýzu dat. Faktory ovlivňující účinnost každého kroku budou pečlivě monitorovány a posouzen jejich vliv na výsledek experimentu. Protokol analýzy jednotlivých buněk bude aplikován v oblasti neurobiologie, zejména ke studiu vlivu různých poranění mozku a neurodegenerativních onemocnění na funkci gliových buněk. Výsledky této práce zlepší současné porozumění biologie gliových buněk a zvýší reprodukovatelnost a účinnost studií využívající analýzu jednotlivých buněk.
Biotechnologický ústav AV ČR, v.v.i.

Identifikace biologických funkcí orthologů glutamátkarboxypeptidasy II (GCPII) v bazálních organizmech

Bařinka Cyril, RNDr. Ph.D.
Glutamátkarboxypeptidasa II (GCPII) je membránová metaloproteáza, která je využívána v experimentální terapii neurologických poruch a v klinické praxi jako marker rakoviny prostaty. Přestože je tento enzym exprimován téměř ve všech eukaryotních organismech, jeho funkce zde není známa. Projekt je zaměřen na strukturní a funkční charakterizaci rekombinantních orthologů GCPII z několika modelových organizmů včetně C.elegans, F.hepatica, D.rerio, A.thaliana, S.mansoni a kvasinek. Použitá metodologie zahrbuje klonování, mutagenezi, heterologní expresi proteinů v různých systémech (E.coli, K.lactis, hmyzí a savčí buňky), purifikaci rekombinantních proteinů a jejich charakterizaci pomocí enzymatických stanovení (testování knihoven proteasových substrátů), inhibičních studií a biofyzikálních metod včetně rentgenostrukturní analýzy. Předpokládáme, že identifikace fyziologických funkcí orthologů GCPII v bazálních organizmech nám umožní odhalit neznámé funkce tohoto enzymu i u vyšších organizmů, a to včetně člověka.
Biotechnologický ústav AV ČR, v.v.i.

Lokalizace mRNA a lncRNA v průběhu vývoje

Šindelka Radek, Mgr. Ph.D. ( Rad...@ibt.cas.cz)
Studium lokalizace RNA molekul je atraktivní oblastí oborů biochemie, biologie a medicíny. Znalost tohoto děje má obrovský význam pro pochopení chování rakovinných buněk, biologie kmenových buněk a vývoj organismu. Naše laboratoř je jedna z předních ve studiu asymetrické lokalizace RNA a proteinů v časných vývojových stádiích. Používáme nejaktuálnější metody jako je kvantitativní PCR a RNA sekvenování na úrovni jednotlivých buněk a vnitrobuněčně. Prezentujeme naši práci v rámci zvaných přednášek na mezinárodních konferencích. Spolupracujeme s experty v oblasti proteomiky a bioinformatiky (většinou z jiné země). Máme v laboratoři vlastní chov obojživelníků a spolupracujeme s laboratořemi, které nám poskytují rybí a savčí modely. Přestože je projekt náročný, je zde spousta oblastí pro motivované a výzkumně založené student k získáni vlastní specializace a pro vývoj jejich vědecké kariéry. Nabízíme velmi dobře vybavenou laboratoř a mezinárodní tým mladých vědců. (www.labgenexp.eu)
Biotechnologický ústav AV ČR, v.v.i.

Modulace interakcí lékařsky důležitých lidských cytokinů a jejich receptorů

Schneider Bohdan, Ing. CSc.
Cílem studia je charakterizovat interakce mezi vybranými pro lékařské aplikace významnými cytokiny a jejich receptorů a jejich cílená modulace. Modulací interakcí cytokinů a receptorů je za cíl docílit změnu biologické funkce cytokinů a potenciálně tak získat lékařsky uplatnitelné změněné proteiny. Modifikované proteiny bude studentk/a navrhovat a vyvíjet metodami řízené evoluce (ribozómový displej, kvasinkový displej) z tak zvaných malých proteinových domén (scaffolds) známých z literatury, ale hlavně vyvíjených v laboratoři. Podstatnou částí práce bude právě vývoj a komplexní biochemická charakterizace nových malých proteinových domén. Inhibice či potenciace interakcí mezi interleukiny a jejich receptory by potenciálně měla velký význam pro vývoj léčebných či diagnostických prostředků při autoimunitních poruchách. Termodynamické, kinetické a strukturní aspekty interakcí budou studovány pokročilými biochemickýmii technikami, sekvenční i strukturní bioinformatikou včetně krystalografie a počítačovým modelováním.
Biotechnologický ústav AV ČR, v.v.i.

Struktura a dynamika glutamátových receptorů, teorie a experiment

Černý Jiří, Ing. Ph.D. ( jir...@ibt.cas.cz)
Navrhovaný multidisciplinární projekt kombinuje několik experimentálních a teoretických přístupů pro zpřesnění strukturních motivů ionotropního glutamátového receptoru (iGluR) v jeho funkčně významných stavech. Dostupná strukturní data doplníme za pomoci analýzy iGluR exprimovaných v savčím a hmyzím expresním systému. Farmakologicky navodíme a elektrofyziologicky charakterizujeme příslušný funkční stav receptoru (aktivační kinetika, vazebná afinita a vlastnosti iontového kanálu). Následně pomocí strukturní hmotnostní spektrometrie získáme informace o vzdálenostech mezi aminokyselinami, které dále použijeme jako vstupní data pro MD simulace zpřesňující původní krystalové struktury a pro nalezení dosud neznámých strukturních motivů a objasnění jejich role ve strukturních přechodech receptoru.
Biotechnologický ústav AV ČR, v.v.i.

Vývoj a funkce endokrinních buněk pankreatu

Pavlínková Gabriela, RNDr. Ph.D. ( gpa...@ibt.cas.cz)
Diabetes mellitus a s ním spojené komplikace představují vážné onemocnění pro člověka. Ztráta funkce endokrinních buněk slinivky břišní jsou základem patofyziologických změn vázaných k tomuto onemocnění. Tento projekt je zaměřen na molekulární mechanismy během embryonálního vývoje, zrání a funkce endokrinníchbuněk pankreatu. Dále budou zjištěny biomarkery spojené se vznikem a progresí diabetes mellitus v důsledku dysfunkce beta buněk. Budou použity metody knockout technologie Cre/loxP a Crispr/Cas9, RNA sekvenování, imunohistochemie, konfokální mikroskopie, a single cell qPCR. Projekt přispěje k objasnění patofyziologie diabetes mellitus a k identifikaci možných biomarkerů rozvoje tohoto onemocnění.
Biotechnologický ústav AV ČR, v.v.i.

Fyziologická úloha kation/proton antiportních systémů v homeostáze monovalentních kationtů v eukaryotních buňkách

Sychrová Hana, RNDr. DrSc. ( syc...@kav.cas.cz)
Zimmermannová Olga, Ing. Ph.D. ( Olg...@fgu.cas.cz)
Regulace vnitrobuněčné koncentrace iontů je zásadní pro všechny živé buňky. Optimální vnitrobuněčné koncentrace kationtů jsou zajišťovány koordinovanou činností různých transportérů, a pokud je jejich činnost a tím i homeostáze kationtů narušena, projeví se to v celé řadě patologických stavů. Mezi transportéry kationtů, jež přispívají k udržování optimální hladiny kationtů alkalických kovů a protonů (pH) v buňkách většiny organismů, patří antiportery kation/H+ (rodina CPA/SLC9). Doktorské studium se bude týkat charakterizace antiporterů kation/H+ z kvasinek a savců s cílem (i) určit nové strukturní a funkční elementy v těchto proteinech, (ii) identifikovat nové typy regulace jejich aktivity a (iii) identifikovat dosud neznámé proteiny, jež se podílí na regulaci jejich biogeneze a degradace. Získané poznatky významně přispějí k objasnění regulace homeostáze kationtů v jednobuněčném modelovém eukaryotním organismu a poslouží k identifikaci odpovídajících regulačních mechanismů ve vyšších eukaryotech.
Fyziologický ústav AV ČR, v.v.i.

Metabolické změny asociované s kachexií u nádoru pankreatu

Smolková Katarína, RNDr. Ph.D. ( Kat...@fgu.cas.cz)
Karcinom pankreatu je již v časných stadiích provázen nádorovou kachexií, systémovým postižením, které vede k vyčerpání substrátových rezerv hostitele. Cílem projektu je identifikovat klíčové metabolické dráhy nádorové tkáně asociované s kachexií. Ex-vivo primární kultury z nádorové tkáně budou podrobeny detailní metabolomické a biochemické analýze, zejména ve vztahu k metabolizmu glutaminu a aminokyselin s větveným řetězcem, a interferenci jejich degradačních drah. Bude provedena analýza metabolizmu degradace BCAA a glutaminu, konkrétně metabolomický profil, kvantifikace metabolických drah 13C značením a genové exprese enzymů těchto drah. Výsledky umožní popsat substrátový cross-talk hostitele a nádoru během nádorové kachexie a identifikovat potenciální léčebné cíle kachexie u karcinomu pankreatu.
Fyziologický ústav AV ČR, v.v.i.

Role imunitního systému v plicní hypertenzi

Plecitá Lydie, RNDr. Ph.D. ( lyd...@fgu.cas.cz)
Základním znakem plicní arteriální hypertenze je remodelace plicních cévních stěn, konkrétně jejich zbytnění. To vede ke zvýšení tlaku v plicních tepnách, hypertrofii pravé komory srdeční a k jejímu selhání, které může vyústit v smrt. Přestavba plicních cév je komplexní děj zahrnující zejména změny v energetickém metabolismu buněk všech vrstev plicních cév a rezistenci těchto buněk k apoptóze. To vede ke zvýšené proliferaci buněk navozující zbytnění plicních cévních stěn. Kromě těchto faktorů se na přestavbě cév podílí buňky imunitního systému se svou zánětlivou reakcí. Ve spolupráci se zahraničním partnerem v USA budeme studovat vnější cévní vrstvu buněk, fibroblasty, v interakci s buňkami imunitního systému. Ukázalo se, že právě fibroblasty jsou schopny změnami v jejich metabolismu produkovat cytokiny, které pak indukují zánětlivý proces a přispívají tak k cévní přestavbě. Tato studie se zacílí na definovaní změn v energetickém a redoxním metabolismu fibroblastů, které vedou k produkci cytokinů, popř. chemokinů, které následně přilákají a aktivují makrofágy, T buňky a další buňky imunitní obrany. Odhalíme, jaké konkrétní metabolity fibroblastů podnítí exkreci cytokinů, které pak navodí aktivaci buněk imunitního systému.
Fyziologický ústav AV ČR, v.v.i.

Studium mechanismu regulace funkce signálních proteinů

Obšilová Veronika, RNDr. Ph.D. ( Ver...@fgu.cas.cz)
Mechanistické objasnění molekulárních mechanismů regulace funkce proteinů vyžaduje pochopení vztahů mezi strukturou a funkcí proteinů. Projekt bude zaměřen na studium molekulárních mechanismů regulace funkce vybraných signálních proteinů. Hlavní pozornost bude soustředěna na komplexy proteinů 14-3-3, které hrají klíčovou úlohu v regulaci mnoha biologických procesů. Proteiny 14-3-3 se váží a regulují funkci ostatních proteinů. Vazba proteinů 14-3-3 s vazebnými partnery je regulována skrze fosforylaci. I přes význam těchto proteinů, mnoho aspektů jejich funkce zůstává dosud neobjasněna. V rámci tohoto projektu bude využívána celá řada biochemických a biofyzikálních technik, zahrnující expresi a purifikaci rekombinantních proteinů v Escherichia coli, cílenou mutagenesi, fluorescenční spektroskopii, sedimentační analýzu, moderní metody hmotnostní spektroskopie, maloúhlový rozptyl světla (SAXS) a proteinovou krystalografii. Získaná data nám umožní lépe porozumět detailům regulace aktivity a funkce těchto protein-proteinových komplexů. Dobrá znalost metod molekulární biologie a exprese a purifikace rekombinantních proteinů je výhodou. Více info na: http://www.biomed.cas.cz/d312/.
Fyziologický ústav AV ČR, v.v.i.

Tuková tkáň kostní dřeně jako nové specializované depo tukové tkáně a jeho úloha v regulaci kostní homeostázy i metabolismu celého těla ”

Tencerová Michaela, Mgr. Ph.D. ( Mic...@fgu.cas.cz)
Obezita vede kromě růstu tukové tkáně (TT) i k ektopické akumulaci lipidů v játrech, svalech nebo kardiovaskulárním systému. Nedávné studie ukázaly, že depozice lipidů probíhá též v kostech, což vede ke zvýšení tvorby adipocytů v kostní dřeni. Vyšší akumulace tuku v kostech je spojena se zvýšenou lámavostí (fragilitou) kostí, což je přehlížená komplikace ovlivňující kvalitu života. Oproti klasickým depům TT (jako je podkožní TT) je o fyziologické úloze tukové tkáně kostní dřeně ve vztahu k metabolismu energie kostí a celého těla známo dosud jen velmi málo. Hlavním cílem projektu je proto charakterizovat metabolický fenotyp TT kostní dřeně u metabolických komplikací a porovnat ho s fenotypem podkožní TT a analyzovat úlohu metabolického fenotypu TT kostní dřeně v celotělovém energetickém metabolismu a v kostní homeostáze. Projekt bude využívat myší a lidské buněčné systémy a in vivo modely, které budou analyzovány širokou škálou molekulárních, bioanalytických a in vivo fyziologických technik. Projekt bude probíhat v nově zřízeném oddělení Fyziologického ústavu AV ČR ve spolupráci s prestižními laboratořemi v zahraničí. Základní doktorské stipendium bude navýšeno pracovním úvazkem ve Fyziologickém ústavu.
Fyziologický ústav AV ČR, v.v.i.

Účinky FGF21 na metabolismus tukové tkáně

Kopecký Jan, MUDr. DrSc. ( Jan...@fgu.cas.cz)
Zouhar Petr, RNDr. Ph.D. ( pet...@fgu.cas.cz)
FGF21 (Fibroblast growth factor 21) je hormon sekretovaný zejména játry v reakci na stimuly jako hladovění a ketogenní dieta. Hlavní fyziologická role FGF21 není jednoznačně objasněna, jeho podávání však vede ke snižování tělesné hmotnosti a zvyšování citlivosti k inzulínu. FGF21 je proto zkoumán jako nadějný kandidát pro léčbu obezity a diabetu 2. typu. Hlavním cílem předkládaného PhD projektu bude detailní charakterizace účinků FGF21 specificky v tukové tkáni laboratorních myší, zejména popis změn v genové expresi a v obratu hlavních metabolických drah jako jsou lipolýza, de novo lipogeneze a re-esterifikace mastných kyselin. Jelikož jsou tyto metabolické procesy svázány se zdravým stavem tukové tkáně, jejich případná regulace prostřednictvím FGF21 by mohla představovat důležitý prvek v celkovém příznivém působení FGF21. Základní doktorské stipendium bude doplněno z grantových prostředků oddělení.
Fyziologický ústav AV ČR, v.v.i.

Úloha tenkého střeva v metabolických účincích omega-3 polynenasycených mastných kyselin v závislosti na lipidové formě jejich podání v dietě

Rossmeisl Martin, MUDr. Ph.D. ( Mar...@fgu.cas.cz)
Horáková Olga, Mgr. Ph.D. ( olg...@fgu.cas.cz)
Účinná absorpce a zpracování živin představují hlavní funkci tenkého střeva, která je narušena během rozvoje obezity. Obezita vede ke narušení imunitního systému střeva a dále je spojena se změnami ve střevní mikroflóře a zvýšením prostupnosti střevní bariéry. Mastné kyseliny s dlouhým řetězcem řady n-3 (Omega-3), zejména EPA a DHA pocházející z mořských živočichů, mohou chránit před obezitou a vykazují protizánětlivé a hypolipidemické účinky.
Cílem projektu je porozumět mechanismům, kterými Omega-3 a jejich metabolity ovlivňují intestinální imunitní systém, metabolismus a mikroflóru. Součástí práce budou experimenty s kontrolními a geneticky modifikovanými zvířaty v kombinaci s podáváním diety obsahující Omega-3 v různých lipidových formách (tj. triacylglyceroly, fosfolipidy nebo estery vosků). Práce bude dále zahrnovat rutinní biochemické metody, průtokovou cytometrii, proteomickou a metabolipidomickou analýzu, charakterizaci mikroflóry a/nebo bioinformatické a statistické zpracování dat získaných během experimentů.
Fyziologický ústav AV ČR, v.v.i.

Vliv morfinu, metadonu a peptidových agonistů na úroveň exprese mí, delta a kappa opioidních receptorů v lymfocytech sleziny potkana

Svoboda Petr, doc. RNDr. DrSc. ( svo...@fgu.cas.cz)
Roubalová Lenka, RNDr. Ph.D. ( len...@fgu.cas.cz)
Opioidní receptory (OR) jsou kromě centrálního nervového systému exprimovány také v celé řadě dalších buněk savčího organismu včetně buněk imunitního systému. Role OR v buňkách imunitního systému je však zatím spíše neznámá. Stanovení úrovně exprese OR v imunitních buňkách a její změna vlivem exogenních faktorů jako je administrace opioidních látek představuje v tomto směru důležitý poznatek. Cílem projektu je analyzovat úroveň exprese OR ve slezinných lymfocytech. Tyto buňky budou izolovány z potkanů vystavených dlouhodobému (chronickému) působení morfinu, metadonu a peptidových agonistů podle našich zavedených postupů. Krátkodobý (akutní) účinek těchto opioidních látek na úroveň epxrese mí, delta a kappa opioidních receptorů bude stanoven lymfocytech izolovaných z kontrolních zvířat. Tyto buňky budou s uvedenými opioidními látkami inkubovány v podmínkách in vitro.
Fyziologický ústav AV ČR, v.v.i.

Využití pokročilých technik fluorescenční mikroskopie pro analýzu mobility delta opioidních receptorů v živých modelových buňkách

Svoboda Petr, doc. RNDr. DrSc. ( svo...@fgu.cas.cz)
Brejchová Jana, Mgr. Ph.D. ( jan...@fgu.cas.cz)
Opioidní receptory (OR) regulují řadu fyziologických procesů včetně reakcí na bolestivé a stresové podněty. V porovnání se známějším mí-OR, delta-OR nebyl dosud dostatečně studován. Nicméně, delta-OR se také podílí na zprostředkování účinku opioidních látek na savčí organismus. Blahodárný vliv aktivace delta-OR specifickými agonisty byl prokázán především v souvislosti s emočními reakcemi a poruchami nálad. Jedním z faktorů regulujících signální kaskády navozené aktivací delta-OR je buněčné prostředí, ve kterém se receptor nachází - dvojvrstva plazmatické membrány. Mobilita tohoto receptoru v plasmatické membráně představuje regulační faktor, který dosud nebyl intenzivně studován. Cílem tohoto projektu je využití moderních technik fluorescenční mikroskopie (FRAP, TIRF) za účelem studia mobility delta-OR v modelových buněčných liniích za rozličných podmínek jako jsou např. vazba specifických ligandů nebo oxidativní poškození membránových lipidů.
Fyziologický ústav AV ČR, v.v.i.

Zjištění morfinem a metadonem navozených změn proteinů v mozku potkana v souvislosti s adaptací savčího mozku na dlouhodobém působení opioidních látek

Svoboda Petr, doc. RNDr. DrSc. ( svo...@fgu.cas.cz)
Ujčíková Hana, RNDr. Ph.D. ( han...@fgu.cas.cz)
Závislost na opioidech je známa jako chronické recidivující onemocnění mozku způsobené opakovaným vystavením opioidním drogám. Spontánní tendencí narkomana je zvyšování dávek drogy za účelem dosažení požadovaného efektu. Tato tendence je primárně založena na obecném fyziologickém fenomenu - desenzitizaci primární odpovědi, který nastává při opakované nebo dlouhodobé stimulaci cílové buňky, tkáně nebo celého organismu danou drogou. Buněčné a molekulární mechanismy, které jsou podstatou schopnosti organismu navrátit se zpět k fyziologickému stavu po vysazení podávání drogy, stále nejsou objasněny. Proteomická analýza kortexu předního mozku potkanů vystavených morfinu po dobu 10 dnů s následným vysazením morfinu po dobu 20 dnů ukázala dramatický pokles v počtu morfinem změněných proteinů v porovnání se zvířaty, která byla vystavena působení morfinu po dobu 10 dnů. Cílem toho projektu je srovnání vlivu morfinu a metadonu u zvířat vystavených těmto látkám po dobu dostatečnou k navození stavu závislosti. Tato zvířata budou porovnána s těmi, která budou podrobena následnému vysazení morfinu a metadonu. Budeme analyzovat kortex předního mozku, hipokampus a další části CNS potkana.
Fyziologický ústav AV ČR, v.v.i.

Změny buněčné membrány a její lipidového složení oxidačním stresem; studie mozku potkana a modelových buněčných linií.

Svoboda Petr, doc. RNDr. DrSc. ( svo...@fgu.cas.cz)
Vošahlíková Miroslava, Ing. ( mir...@fgu.cas.cz)
Většina buněčných funkcí probíhá v membránách nebo v jejich blízkém okolí. Buněčné membrány jsou místem, kde dochází k přímé interakci mezi lipidy a bílkovinami. Vysoce reaktivní intermediáty produkované oxidačním stresem mění především strukturu buněčné, neboli plasmatické membrány (PM), kde způsobují peroxidační degradaci lipidů, nenasycených mastných kyselin a narušení permeability této struktury vůči iontům přítomným v extracelulární prostoru. Rovněž dochází ke změnám funkčních vlastností membránových proteinů. Oxidační stress (OS) způsobuje řadu chorob. V současné době se ukazuje, že genese OS rovněž vyvolává závažné emoční a kognitivní poruchy lidského i savčího organismu jako celku. Vytyčení přesné hranice mezi vratnými a nevratnými změnami, které v PM nastávají vlivem OS a určení různé míry poškození této buněčné struktury v závislosti na míře OS, je v současné věnována značná experimentální pozornost. V našem případě se jedná o snahu přispět k porozumění mechanismů, kterými vzniká závažné lidské onemocnění, bipolární porucha (BP). V této souvislosti hledáme korelaci mezi účinkem lithia, které se používá jako lék této choroby, na aktivitu klíčového enzym buněčné homeostázy sodných a draselných iontů, Na+/K+-ATPasy, mírou poškození PM a oxidačním stressem.
Fyziologický ústav AV ČR, v.v.i.

Aryl-sulfotransferasy a jejich využití v přípravě sulfatovaných metabolitů

Bojarová Pavla, RNDr. Ph.D. ( boj...@biomed.cas.cz)
Petrásková Lucie, Ing. Ph.D. ( pet...@biomed.cas.cz)
Flavonoidy jsou významnou složkou lidské stravy a jejich sulfatace hraje v lidském těle významnou roli pro jejich farmakokinetiku a biologickou aktivitu. V rámci tohoto tématu bude připravena knihovna sulfatovaných flavonoidů pomocí enzymatické sulfatace za katalýzy rekombinantní aryl-sulfotransferasou z Desulfitobacterium hafniense. Dále budou heterologně exprimovány, připraveny a charakterizovány nové aryl-sulfotransferasy z různých zdrojů a bude zkoumán jejich syntetický potenciál. Sulfatované produkty budou analyzovány pomocí LCMS, izolovány a charakterizovány NMR a HRMS. Cílem práce je vytvořit soubor nových aryl-sulfotransferas se syntetickým potenciálem a knihovnu definovaných sulfatovaných metabolitů flavonolignanů. Součástí práce je i získání krystalové struktury vybrané aryl-sulfotransferasy.
Mikrobiologický ústav AV ČR, v.v.i.

Geneticky modifikované glykosidasy pro syntézu bioaktivních sacharidů

Bojarová Pavla, RNDr. Ph.D. ( boj...@biomed.cas.cz)
Glykosidasy (EC 3.2.1-) jsou hydrolytické enzymy s dobrou stabilitou, širokou substrátovou specifitou a vysokou regioselektivitou. Mnohé glykosidasy vykazují při vhodném reakčním uspořádání syntetické schopnosti v tzv. transglykosylačních reakcích, které mohou být výtěžností srovnatelné s glykosyltransferasami. Heterologní exprese vybraných synteticky zajímavých glykosidas ve vhodných systémech (zvl. E. coli nebo P. pastoris) umožňuje získat ve vysokém výtěžku enzymy bez vedlejších aktivit vhodné pro syntetické aplikace. Cílená mutageneze na základě molekulárního modelování, kombinovaná v případě potřeby s řízenou evolucí, vede k enzymům se zlepšenou syntetickou schopností a/ nebo se změněnými katalytickými vlastnostmi pro přípravu bioaktivních funkcionalizovaných oligosacharidů.
Mikrobiologický ústav AV ČR, v.v.i.

Minoritní a neobvyklé flavonolignany: Chemo-enzymatická příprava a farmakologická aktivita

Křen Vladimír, prof. Ing. DrSc. ( k...@biomed.cas.cz)
Biedermann David, RNDr. Ph.D. ( bie...@biomed.cas.cz)
Flavonolignany jsou důležité přírodní látky, které se vyskytují v různých rostlinách. Nová skupina flavonolignanů, které nyní začaly přitahovat pozornost kvůli jejich zajímavým farmakologickým aktivitám, jsou tzv. flavonolignany ne-taxifolinového původu. Tyto látky jsou zkoumány vzhledem k detailním strukturálním rysům a pro vlivy na intracelulární signalizaci a inhibiční aktivity vůči proteinům mnohočetné resistence (MDR), jak v mikroorganismech, tak i v somatických (nádorových) buňkách. Pomocí chemické a chemoenzymatické syntézy a další derivatizace budou připraveny nové flavonolignany, které budou testovány na modulační aktivitu MDR a cytotoxicitu. Pomocí chemické a chemoenzymatické syntézy a další derivatizace budou připraveny nové a vzácnější flavonolignany (odlišné od derivátů taxifolinu). Nové látky budou testovány na modulační aktivitu MDR a cytotoxicitu.
Mikrobiologický ústav AV ČR, v.v.i.

Prozkoumání α-L-rhamnosyl-β-D-glukosidas — enzymů rozvíjejících se v potravinářství

Křen Vladimír, prof. Ing. DrSc. ( k...@biomed.cas.cz)
Kotík Michael, Dr. Ph.D.
Vedlejší produkty obsahující rutin a hesperidin jsou generovány v průmyslovém zemědělství a potravinářském průmyslu ve velkém měřítku. α-L-Rhamnosyl-β-D-glukosidasy (rutinosidasy) jsou málo známé unikátní mikrobiální pro disacharidy specifické glykosidasy reagující s rutinem, hesperidinem a dalšími rutinosidy. Rutinosidy, které obsahují kromě flavonoidního aglykonu disacharid rutinosu, mají velice zajímavé vlastnosti využitelné v potravinářství a v medicíně. V rámci tohoto projektu se zaměříme na prozkoumání a porozumění vztahu mezi strukturou, funkcí a promiskuitou u čtyř α-L-rhamnosyl-β-D-glukosidas cílenou mutagenezí, určením substrátových specifit a kinetických parametrů a strukturální analýzou enzymových produktů. In silico vázání substrátů do aktivního místa rutinosidas doplní naše úkoly v projektu. Další cíle tohoto projektu jsou: prozkoumání a vypracování optimálních podmínek pro hydrolytické a transglykosylační (syntetické) reakce, enzymatické konverze substrátů v pevném stavu a získání struktury jedné α-L-rhamnosyl-β-D-glukosidasy pomocí rentgenové krystalografie.
Mikrobiologický ústav AV ČR, v.v.i.

Příprava nových flavonolignanů a jejich biologické aktivity.

Macek Tomáš, prof. Ing. CSc. ( tom...@vscht.cz)
Valentová Kateřina, doc. Ing. Ph.D. ( kat...@biomed.cas.cz)
Práce bude zaměřena na novou skupinu flavonolignanů z rostlin, která vykazuje zajímavé farmakologické aktivity v oblasti potlačení rezistence na léky, a to na tzv. flavonolignany ne-taxifolinového původu. Pomocí chemické a chemoenzymatické syntézy a další derivatizace budou připraveny nové flavonolignany a získané látky budou zkoumány z hlediska vlivu na intracelulární signalizaci a zejména inhibiční aktivity vůči proteinům mnohočetné resistence (MDR), jak v mikroorganismech, tak i v somatických (nádorových) buňkách, a testovány na modulační aktivitu MDR a cytotoxicitu.
Mikrobiologický ústav AV ČR, v.v.i.

Oxidační stres u onkohematologických onemocnění

Suttnar Jiří, Ing. CSc. ( jir...@uhkt.cz)
Existuje hypotéza o vztahu mezi oxidačním stresem a hematologickými malignitami. Rakovinné buňky mají jedinečný energetický metabolismus zajišťující jejich rychlou proliferaci. Pro jejich metabolismus je charakteristická anaerobní glykolýza za přítomnosti kyslíku. Zvýšená glykolýza také vede k tvorbě nízkomolekulárních sloučenin nutných pro proliferaci rakovinných buněk. Rakovinné buňky se mohou díky změněnému metabolismu přizpůsobit vysokým úrovním oxidačního stresu charakterizovaného reaktivními kyslíkovými látkami (ROS) a reaktivními formami dusíku (RNS). ROS a RNS mohou reagovat s proteiny a tak měnit jejich funkci a mohou indukovat, podporovat a modulovat karcinogenezi. Cílem diplomové práce je využití cílené metabolomiky, markerů oxidačníího stresu a interaktomiky proteinů pro studium onkohematologických onemocnění v průběhu terapie.
Ústav hematologie a krevní transfuze

Úloha interakce lamin A a fosfoinositidu v jaderné architektuře

Hozák Pavel, prof. RNDr. DrSc.
Laminy jsou intermediární filamenta přítomné na jaderné periferii a nukleoplazmě. Laminy jsou důležitými regulátory integrity jaderné struktury a jaderných procesů, jako je transkripce, replikace DNA a organizace chromatinu1. Mutace laminů způsobují závažná onemocnění - laminopatie. Funkce laminů jsou zprostředkovány prostřednictvím jejich interakčních partnerů. Předběžné výsledky naší laboratoře ukazují, že lamin A tvoří komplex s fosfatidylinositol 4,5-bisfosfátem (PIP2). Studenti DSP se zaměří na detailní charakterizaci komplexu lamin A / PIP2. Jejich cílem bude popsat funkci a přesné složení tohoto komplexu kombinací přístupů hmotnostní spektrometrie, biochemie a mikroskopie. V naší laboratoři je k dispozici potřebné vybavení a techniky, tudíž poskytuje vynikající podmínky pro realizaci tohoto projektu. Tento projekt má potenciál přinést cenné výsledky přispívající k popisu molekulárních mechanismů laminopatie. Data budou prezentována na mezinárodních konferencích a publikována v recenzovaných časopisech.
1. Dittmer, T.A. & Misteli, T. The lamin protein family. Genome Biol 12, 222 (2011).
Ústav molekulární genetiky AV ČR, v.v.i.

Evoluce komunikačního systému u hmyzu

Pichová Iva, Ing. CSc. ( iva...@uochb.cas.cz)
Hmyz využívá pro páření specifickou směs chemikálií nazývanou feromon. Složení feromonu proto hraje důležitou roli v evoluci hmyzích druhů. Častou složkou feromonu jsou různé druhy mastných kyselin, na jejichž biosyntéze se podílí řada enzymů, jako např. desaturasy mastných kyselin, reduktázy mastných kyselin a další enzymy. Plánovaný projekt bude zaměřen na identifikaci parametrů jak genetických, tak strukturních, které vedou ke změnám v feromonu a ke vzniku nových druhů hmyzů. V práci bude využita analýza transkriptomů feromonových žláz různých druhů hmyzu, dále funkční charakterizace enzymů a jejich mutantů a identifikace produktů pomocí GC-MS.
Ústav organické chemie a biochemie AV ČR, v.v.i.

Jak viry pouzivaji lidske proteiny pro svoji replikaci

Bouřa Evžen, Mgr. et mgr. Ph.D. ( evz...@uochb.cas.cz)
Viry jsou malé organismy, které často ani nejsou pokládány za živé, protože se mohou rozmnožovat pouze uvnitř hostitelské buňky. K tomu ovšem potřebují ovládnout celý biochemický aparát hostitelské buňky a přeprogramovat ho k účelům virové replikace. Například skupina malých neobalených RNA virů (Picornaviridae) používá svůj malý nestrukturní 3A protein, aby aktivovaly lipid kinázu PI4KB, což vede k remodelaci membrán Golgiho aparátu nebo endoplazmatického retikula na tzv. virovou replikační platformu. Metody strukturní biologie (X-ray krystalografie, úzký rozptyl paprsků X a proteinové NMR) a rozličné biofyzikální metody (fluorescence, rekonstituce v lipozómech, analytická ultracentrifugace) v kombinaci s konfokální mikroskopií budou použity k pochopení a porozumění virové replikace na povrchu membrán a následně k rekonstituci virové replikace in vitro. (http://www.uochb.cz/infochem/boura)
Ústav organické chemie a biochemie AV ČR, v.v.i.

Katepsinové proteasy v biomedicíně.

Mareš Michael, RNDr. CSc. ( mic...@uochb.cas.cz)
Projekt je zaměřen na proteolytické enzymy katepsinového typu, které se významně podílejí na patologiích a představují cílové molekuly pro terapii. Studovány budou katepsiny člověka a jeho patogenů a parazitů. Cílem projektu je analýza struktury a funkce katepsinů a vývoj nových inhibičních molekul pro jejich regulaci. Téma na rozhraní biochemie a molekulární biologie využívá zejména následující metodické přístupy: funkční proteomiku a chemickou genomiku, rekombinantní expresi proteinů, enzymologii, proteinovou krystalografii a molekulární modelování. Práce bude vypracována na Ústavu organické chemie a biochemie, Akademie věd ČR (www.uochb.cz/web/structure/186.html).
Ústav organické chemie a biochemie AV ČR, v.v.i.

Koevoluce proteinových domén

Vondrášek Jiří, RNDr. CSc. ( jir...@uochb.cas.cz)
Proteinové domény jsou zakladními funkčními elementy, které zaujímají svoji prostorovou strukturu nezávisle na svém okolí. Strukturní a funkční nezávislost proteinových domén se odrazí v modulární stavbě multidomenových proteinů. V navrhovaném projektu budeme zkoumat propojení mezi evolucí aminokyselinových sekvencí domen vyskytujících se v multi-doménovém kontextu s cílem zjistit, zdali se jejich složení a struktura vyvíjí nezávisle nebo ve vzájemně koordinovaném režimu. V naší seminální práci na toto téma jsme použili kontinualní informatické míry pro zjištění stupně koordinace mezi doménami v multidoménových proteinových molekulách napříč evolučním stromem. Výsledky ukazují, že všechny zkoumané multidoménove proteiny, respektive jejich domény se vyvíjejí ve vzájemné koordinaci, pokud jde o jejich aminokyselinové složení. Výzvou tak zůstává určit stupeň modularity a nezávislosti domén s možnou strukturní či funkční interpretací a význam tohoto procesu s ohledem na evoluci. Součástí projektu je také zjistit, do jaké míry tyto procesy ovlivňuje přítomnost tzv. linkeru - tedy spojující aminokyselinové sekvence mezi doménami a v neposledni řadě spojení s alosterickou modulací funkce.
Ústav organické chemie a biochemie AV ČR, v.v.i.

Principy návrhu inhibitorů proteas z rodiny rhomboidů

Stříšovský Kvido, Ing. Ph.D. ( kvi...@uochb.cas.cz)
Intramembránové serinové proteasy z rodiny rhomboidů jsou široce konservovány a jsou klíčové pro infektivitu parazita způsobujícího malárii, pro homeostázi mitochondrií a další funkce s vysokým medicinkým potenciálem. Nedávno jsme objevili peptidyl ketoamidy jako první účinné a specifické inhibitory rhomboidů a nyní zkoumáme principy designu této třídy látek pro inhibici rhomboidů. Přitom tyto inhibitory využíváme jednak jako nástroje pro studium mechanismu rhomboidů a také se zaměřujeme na vývoj inhibitorů biologicky a medicinsky zajímavých členů této rodiny enzymů. Projekt bude zahrnovat produkci a purifikaci rekombinantních proteinů (zejména membránových), enzymovou kinetiku, rentgenostrukturní analysu proteinů, buněčné kultury a bude prováděn v úzké spolupráci s medicinálními a výpočetními chemiky a strukturními biology, nabízejíce tak široké možnosti tréninku. Reference: 1. Ticha A, Stanchev S, Vinothkumar KR, Mikles DC, Pachl P, Began J, Skerle J, Svehlova K, Nguyen MTN, Verhelst SHL, Johnson DC, Bachovchin DA, Lepsik M, Majer P, Strisovsky K (2017) Cell Chem Biol 24: 1523-1536 e4 2. Ticha A, Collis B, Strisovsky K (2018) Trends Biochem Sci 43: 726-739 3. Kvido Strisovsky: Casting the Spotlight on Intramembrane Proteases. (2018) Trends Biochem Sci 43: 845-847
Ústav organické chemie a biochemie AV ČR, v.v.i.

Strukturní studie DNA vazebných proteinu

Maloy Řezáčová Pavlína, RNDr. Ph.D. ( pav...@uochb.cas.cz)
Bakteriální represory plní funkci molekulárních přepínačů: vazba efektorové molekuly moduluje jejich schopnost interagovat s DNA operátorem a tak je zapínána či vypínána transkripce genů. Většina transkripčních represorů, které se účastní regulace metabolických genů v bakterii Bacillus subtilis, náleží k jedné ze dvou velkých rodin: GntR nebo DeoR. Znalost 3D struktury represorů napomůže porozumění vztahu mezi jejich strukturou a funkcí a též pochopení molekulárního mechanismu, kterým jednotlivé represory vykonávají svou regulační funkci. V tomto projektu jsme pro strukturní studie vybrali několik represorů, jejichž funkce již byla charakterizována biochemickými a molekulárně biologickými metodami. Krystalografické studie budou kombinovány s komplementárními technikami pro bližší charakterizaci vazby efektoru a rozpoznávání DNA operátoru.
Ústav organické chemie a biochemie AV ČR, v.v.i.

Studium nových biologicky aktivních steroidů jako potenciálních léčiv

Mertlíková Kaiserová Helena, PharmDr. Ph.D. ( hel...@uochb.cas.cz)
Projekt zahrnuje (1) studium neuroprotektivních vlastností nových syntetických steroidů, vyvíjených na ÚOCHB primárně jako modulátory NMDA receptorů, s možným využitím v terapii ischemických stavů, neurodegenerativních chorob, ale i neuropsychiatrických onemocnění. Použité metodiky budou převážně založené na buněčných modelech (primokultury potkaních kortikálních neuronů i buněčné linie), v některých případech upravených molekulárně-biologickými metodami. Vybrané látky budou charakterizovány také z pohledu jejich ADME/Tox vlastností. Druhou částí projektu bude (2) vývoj metodik pro záchyt nových biologických aktivit in vitro a systematický screening existující steroidní knihovny látek. Bude se jednat zejména o afinitu a selektivitu látek k panelu nukleárních receptorů (transkripčních faktorů), inhibici klíčových enzymů steroidogeneze aj. Součástí bude i validace výsledků screeningu buněčnými funkčními metodami.
Ústav organické chemie a biochemie AV ČR, v.v.i.

Vývoj nástrojů pro imaging, cílení a isolaci potenciálních cílů zásahu biologicky aktivních látek

Konvalinka Jan, doc. RNDr. CSc. ( jan...@uochb.cas.cz)
Šácha Pavel, Mgr. Ph.D. ( pav...@uochb.cas.cz)
Nedávno jsme vyvinuli modulární systém polymerních “syntetických protilátek” (iBodies), které umožňují visualisovat a isolovat cílové molekuly na základě specifické interakce mezi proteiny a jejich nízkomolekulárními ligandy (Šácha et al., 2016). iBodies: Modular Synthetic Antibody Mimetics Based on Hydrophilic Polymers Decorated with Functional Moieties. Angew. Chem. Int. Ed. Engl. 55, 2356-2360). V současnosti používáme tento nástroj na řadu různých cílů včetně proteas, karbonických anhydras a receptorů T-buněk. Úspěšný žadatel bude vyvíjet nové “iBodies” proti medicinálně zajímavým cílům, bude navrhovat nebo selektovat nízkomolekulární ligandy těchto cílových molekul, a anlysovat interakci příslušných konjugátů s těmito cílovými molekulami. Hlavním cílem projektu je navrhnout a otestovat iBodies schopné isolovat, visualisovat a identifikovat dosud neznámé proteinové “cíle zásahu” biologicky aktivních látek. Hledáme vysocce motivovaného kandidáta, který si bude užívat práci v multidisciplinárním a mladém týmu, schopného pracovat na rozmezí molekulární biologie, biochemie, strukturní biologie a medicinální chemie. Používané metody budou zahrnovat klonování rekombinantní DNA, expresi a charakterisaci proteinů, strukturní biologii pomocí rentgenové difrakce a NMR, imunochemii a práci s transgenními zvířaty. Reference: Šácha, P., Knedlík, T., Schimer, J., Tykvart, J., Parolek, J., Navrátil, V., Dvořáková, P., Sedlák, F., Ulbrich, K., Strohalm, J., Majer, P., Šubr, V., Konvalinka J. (2016). iBodies: Modular Synthetic Antibody Mimetics Based on Hydrophilic Polymers Decorated with Functional Moieties. Angew. Chem. Int. Ed. Engl. 55, 2356-2360 Šimon, P., Knedlík, T., Blažková, K., Dvořáková, P., Březinová, A., Kostka. L., Šubr, V., Konvalinka, J. and Šácha, P. (2018). Identification of Protein Targets of Bioactive Small Molecules Using Randomly Photomodified Probes, ACS Chem. Biol. 13, 3333-3342, DOI: 10.1021/acschembio.8b00791
Ústav organické chemie a biochemie AV ČR, v.v.i.

Výzkum signalizace prostřednictvím G-proteinů a G-proteinových receptorů pomocí technik pokročiké optické mikroskopie

Jiráček Jiří, RNDr. CSc. ( jir...@uochb.cas.cz)
Lazar Josef, Mgr. Ph.D. ( jos...@uochb.cas.cz)
Receptory spřažené s G proteiny (GPCR) a heterotrimerní G proteiny hrají významnou roli v buněčné signalizaci. G-proteinová signalizace je důležitá pro kardiovaskulární funkci, neurotransmisi a mnoho dalších procesů. G-proteinová signalizace je proto cílem mnoha léčiv, a znalost molekulárních aspektů G-proteinové signalizace je tudíž důležitá jak pro vědecké poznání, tak pro farmaceutické aplikace. Cílem práce je objasnit, zejména s využitím techniky dvoufotonové polarizační mikroskopie, důležité molekulární aspekty G-proteinové signalizace. Součástí projektu je vývoj nových a zlepšených geneticky kódovaných optických sond G-proteinové signalizace, využití těchto sond k pozorování molekulárních procesů G-proteinové signalizace v živých buňkách, a získávání informací o molekulárních mechanismech pozorovaných procesů. Předmětem zájmu je zejména schopnost receptorů GPCR za různých podmínek interagovat s různými G-proteinovými signálními dráhami (tzv. zaujatá či předpojatá signalizace).
Ústav organické chemie a biochemie AV ČR, v.v.i.
Aktualizováno: 15.2.2017 10:10, Autor: Miroslav Šimek

VŠCHT Praha
Technická 5
166 28 Praha 6 – Dejvice
IČO: 60461373
DIČ: CZ60461373

Datová schránka: sp4j9ch

Copyright VŠCHT Praha 2014
Za informace odpovídá Oddělení komunikace, technický správce Výpočetní centrum

zobrazit plnou verzi